构建无限长碳纳米管步骤是否正确以及其位置固定问题

Treein

想请教一下各位老师，我想构建一个无限长的碳纳米管，并固定其位置，以下是我遇到的问题 :
1.我在构建无限长碳纳米管的时候将碳管两端的原子手动相连生成mol2.文件。再用Sobtop生成对应的gro和top（自己检查了一下碳管的分子数与其成键数、二面角数等，是对应的，应该不存在缺少参数）,模拟的时候在mdp文件中加入“periodic-molecules=yes” ，但是跑完md之后我用VMD打开轨迹，打开周期性显示发现两个盒子的碳管并没有首尾成键，这种情况是不是没有成功的构建无限模型？还是说VMD没有显示出来？
2.为了固定碳管，我给碳管加了位置限制，力的大小为十的六次方（我看碳碳键之间的力常数是十的五次方），NPT后碳管的位置都没变，（此次模拟是在电场条件下做，在NPT和md的mdp文件中都加入了电场参数）， 但最后在跑md时候碳管到处跑，这是什么原因呢，是不是在电场作用下现在设置的力常数还够大造成的呢
以上就是我的问题，我还是个gromacs小白，希望各位老师能够给我一些建议，不甚感激。

sobereva

VMD不会显示跨盒子的键，你即便在VMD里要求显示出镜像晶胞也没用

位置限制的力常数用1000就足够大了，到处跑几乎一定是没写对导致没实际生效

Frozen-Penguin

1.VMD如果没有读取到键信息，会根据原子间的距离判断是否成键，这样是不会把盒子两端的原子连起来的，需要输入含有键信息的文件
2.检查log文件中是否有 Position Rest 能量以判断位置约束是否正确加上，或者检查mdp文件