计算三体系统势能的软件

harper · 发表于 Post on 2024-3-31 07:54:39

想要计算三体系统分子间的势能，最好的选择是哪一个软件呢？
和计算二体势能时有没有区别，有哪些注意的问题吗？
非常感谢大家

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-3 18:54:29

harper 发表于 2024-4-1 11:29
各位老师好，想要计算三个分子（例如三个水分子）之间相互作用的势能
此时还要像之前二体相互作用计算需要 ...

跟计算二聚体没关系
这种问题适合Gaussian等主流量化程序计算

“需要执行10^6-10^7个这样的任务” 不知道你是要做什么，如果是构造势函数因此要计算大量的能量，对于水三聚体来说，兼顾耗时和精度，可以用B3LYP-D3(BJ)/6-311+G**
如果只是要算三聚体最稳定结构下的相互作用能，一般都需要做三聚体构型搜索，molclus是非常适合的工具（不适合用autodock之类分子对接程序），看：
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

是否需要考虑BSSE，仔细看
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

harper · 发表于 Post on 2024-4-2 14:54:09

谢谢各位老师

wilely · 发表于 Post on 2024-4-2 10:48:23

可以用分子对接软件autodock vina对三个分子先优化得到几个较好的复合物i结构，再用groma跑分子模拟。

harper · 发表于 Post on 2024-4-1 11:29:43

各位老师好，想要计算三个分子（例如三个水分子）之间相互作用的势能
此时还要像之前二体相互作用计算需要BSSE校正吗？
推荐的软件以及基组泛函是什么呢（一个计算任务计算三个分子间的势能，需要执行10^6-10^7个这样的任务）？
谢谢各位老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-3-31 18:23:59

计算需要的软件基本上和二体还是三体无关，完全取决于其他因素，例如需要的精度，分子大小，分子间是否成键，等等

sobereva · 发表于 Post on 2024-3-31 14:55:41

举个具体例子，让别人明确理解你说的“三体系统势能”具体指什么

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[综合交流] 计算三体系统势能的软件