求助，lammps模拟交联固化反应时原子分组的问题，羟基氢原子与其他氢原子区分不开

1651561651 · 发表于 Post on 2024-4-9 13:38:17

本帖最后由 1651561651 于 2024-4-9 13:39 编辑

本人是lammps菜鸟，最近在做固体推进剂粘结剂的分子动力学模拟，看了些文献，固化反应基本都是-N=C=O和-OH的反应，其中C原子与羟基的O原子相连，氢原子和N原子相连，C原子和氢原子我都能在生成的data文件里找到对应的编号，疑惑的是H原子的原子类型都一样，我该怎么做才能把-OH上的氢原子和其他碳原子上的H原子区分开呢？
另外我在文献中看到了交联过程结束后每一次循环结束都要让系统充满H原子，这一步的目的是什么呢？难道是把所有的H原子都设为一个组，然后让N、H成键吗？那这样会不会把其他C原子上的氢原子拿过来成键了呢？下面是文献的一部分：原文见Molecular dynamics simulation of bonding role of cyclic borate ester in improving mechanical properties of the HTPB propellant - ScienceDirect
The crosslinking flowchart is shown in Fig. 3. The cutoff distance increased gradually from 4 to 12 Å, with a 1 Å increment for each crosslinking loop. After each loop, the system was saturated with hydrogen atoms.

新手上路，对软件理解浅薄，请各位大佬批评指正

1651561651 · 发表于 Post on 2024-4-9 19:07:27

luogaoyang123 发表于 2024-4-9 16:01
如果用的MS建模，导出前可以修改原子类型

好的，感谢大佬，我刚才检查了一下MS的模型，发现我的data文件里面H原子类型有问题，生成lt文件然后用moltemplate生成的data文件，那个lt文件有点问题，把我羟基上面的H原子和C原子上面的H弄成一个类型了

luogaoyang123 · 发表于 Post on 2024-4-9 16:01:55

如果用的MS建模，导出前可以修改原子类型

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