求助-MS中原子跑到框外怎么处理，以及对后续计算有无影响？

QF580 · 发表于 Post on 2024-4-10 00:33:08

对晶胞某一个面进行切割（如010面）添加真空层后有的原子跑到外面去了，对几何结构优化和性质计算有无影响？之前看到有学者解释出去的都会从另外一边进来。

Observer-Aya · 发表于 Post on 2024-4-16 12:35:54

周期性导致的，如果觉得跑出去难看可以在显示设置里加in-cell

QF580 · 发表于 Post on 2024-4-11 23:01:14

Sunjeaser 发表于 2024-4-11 16:16
只是显示问题，不影响计算结果

好的，谢谢回复

Sunjeaser · 发表于 Post on 2024-4-11 16:16:18

只是显示问题，不影响计算结果

QF580 · 发表于 Post on 2024-4-11 12:38:48

Sunjeaser 发表于 2024-4-10 10:32
无影响可以通过更改边界值来调整原子位置

谢谢回复。我调整位置之后原子依然还在盒子外面。之前看到一个视频调整之后就会从底部进来的？如果我直接按照调整后的这个结构去计算会对结果产生影响不？

QF580 · 发表于 Post on 2024-4-11 11:48:24

pal 发表于 2024-4-10 09:40
周期性边界条件下这个盒子周围有无数个相同的盒子，一个原子进了右边的盒子，就会有一个原子从左边的盒子进 ...

谢谢回复

Sunjeaser · 发表于 Post on 2024-4-10 10:32:54

无影响可以通过更改边界值来调整原子位置

pal · 发表于 Post on 2024-4-10 09:40:42

周期性边界条件下这个盒子周围有无数个相同的盒子，一个原子进了右边的盒子，就会有一个原子从左边的盒子进到这个盒子

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[CASTEP/Dmol3/MS] 求助-MS中原子跑到框外怎么处理，以及对后续计算有无影响？