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[综合交流] acpype命令出现错误

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楼主
我正在学习分子模拟。在采用acpype.py文件计算时遇到命令错误如下:


[root@localhost RBD2mer]# chmod +x acpype.py
[root@localhost RBD2mer]# ./acpype.py -i 2mer.mol2 -n -3
============================================================================
| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 0 0 Rev: 0 (c) 2024 AWSdS |
============================================================================
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'
Total time of execution: less than a second


该贴相关问题在http://bbs.keinsci.com/thread-28417-1-1.html题主部分也有出现,但是我检查了mol2文件似乎并无问题。
附件中是mol2文件和acpype.py文件。麻烦各路大神帮我一下。

2mer.mol2

3 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

acpype.py

143.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 19:54:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-10 22:43
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员 ...

好的 之后一定注意
万分感谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 19:54:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-10 22:43
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员 ...

好的,之后一定注意。感谢

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发表于 Post on 2024-4-10 22:43:38 | 只看该作者 Only view this author
中暑的阿宅w 发表于 2024-4-10 18:18
修正:报错应为
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [E ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

改用sobtop (http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生拓扑文件,好用多了,不仅明显更灵活强大,还没那么多破毛病和局限性。acpype已经过时了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-10 18:18:45 | 只看该作者 Only view this author
修正:报错应为
WARNING: no 'babel' executable, no PDB file as input can be used!
ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: 'tmp'

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