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[GROMACS] 使用gromacs-2018.8通过AVX2_256指令集进行5000万步的计算,在3000步之后速度下降

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楼主
我用AVX2_256指令集进行100ns的模拟,步数为5000万步,开始时计算速度可观,但是在3000万步之后计算速度变得非常缓慢,想问一下这是为什么?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-12 11:42:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-12 04:54
别跑其它程序,免得资源争抢

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-4-12 04:54:28 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-4-11 15:48
好的老师,编译方式是cmake3,运行方式是Lunix centOS7.x
CPU是Intel(R) Xeon(R) Gold 6226R
运行内存 ...

别跑其它程序,免得资源争抢
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-11 15:48:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-10 22:33
说清楚编译方式、运行方式、软硬件环境、机子里运行的其它程序等各种可能导致问题的因素

好的老师,编译方式是cmake3,运行方式是Lunix centOS7.x
CPU是Intel(R) Xeon(R) Gold 6226R
运行内存是64G
显卡是NVIDIA Quadro P400
硬盘配置是521G*1+4000G*1
目前机子里运行的程序还有G09

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发表于 Post on 2024-4-10 22:33:34 | 只看该作者 Only view this author
说清楚编译方式、运行方式、软硬件环境、机子里运行的其它程序等各种可能导致问题的因素
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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