求助如何解决血红素蛋白的MD文件预处理？

zion623 · 发表于 Post on 2024-4-13 19:38:22

求助！需要给血红素蛋白（P450）与小分子做MD，把蛋白和HEME放到一个PDB，转化成gro和top时候也加specbond.dat了，但是能量最小化完选择配体只见heme的选项，没有小分子配体MOL的选项，如何解决呢？charmm力场，gromacs46都试了，还是不行.在charmm转化复合物蛋白，他没有CYS连接heme的选项，我这个蛋白的heme是和CYS连的，现在怎么办？如何把血红素和蛋白作为成复合物，并且顺利的和配体对接？以及前面的问题，为何不显示配体呢？
真的快急死了，本人刚接触不到2周，因paper要求补md才开始学，希望得到大神的帮助！祝大家万事如意! QAQ

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-17 04:38:08

zion623 发表于 2024-4-16 21:44
社长大人好！已经在charmm36跑蛋白和heme的，但是现在遇见一个问题是在CGenFF加工带力场的配体文件时候分 ...

如果基于CGenFF只是个别键断裂，骨架什么都正常，自己检查拓扑文件，看比如是否缺少该有的bond项，或者是否力常数不太合适（如过小）等等，自己想办法改改。先跑孤立的分子，发现没问题了再跑复合物。

那叫GROMOS96。没有叫GROMACS的力场。诸如GROMOS96 G45A7的rtp文件里本身就有[ HEME ]的定义，因此原理上用pdb2gmx直接就可以处理带heme的蛋白质。

MCPB.py结合AMBER力场也可以，但我自己不用MCPB.py

zion623 · 发表于 Post on 2024-4-16 21:44:01

sobereva 发表于 2024-4-14 02:53
根本没有叫gromacs46的力场

搞清楚什么叫索引文件，默认的组没有的情况下该定义索引文件定义索引文件

社长大人好！已经在charmm36跑蛋白和heme的，但是现在遇见一个问题是在CGenFF加工带力场的配体文件时候分值特别高，跑出来的gro打开不太正常，有些键断裂。想请教您，有些文章是基于GROMACS96 54A7力场，他们配体用ATB生成带力场的TOP文件，以及有些是根据AMBER99SB力场，通过MCPB.py进行处理heme，您觉得对小白来说哪个更加容易在短时间内出结果（虽已经准备报咱们的课了，但是现在这个催的急）

zion623 · 发表于 Post on 2024-4-14 19:57:52

sobereva 发表于 2024-4-14 02:53
根本没有叫gromacs46的力场

搞清楚什么叫索引文件，默认的组没有的情况下该定义索引文件定义索引文件

抱歉社长！下次一定注意严谨性！（换用ambersb因为兼容gaff）跑成功了，但是我的步骤是把heme和ligand合并成一个配体，进行跑的，但是在7ns左右heme和ligand就一起脱离蛋白了。
现在想单独把蛋白和heme作为整体，是用-merge合并蛋白和heme，再和配体进行模拟可行吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-14 02:53:00

根本没有叫gromacs46的力场

搞清楚什么叫索引文件，默认的组没有的情况下该定义索引文件定义索引文件

甭把问题复杂化。等你什么时候带血红素的蛋白跑成功了再说带配体的事

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[GROMACS] 求助如何解决血红素蛋白的MD文件预处理？

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