求助，请问有无在蛋白MD过程中更新且输出partial charge的力场

ZiyuSong · 发表于 Post on 2024-4-18 09:34:51

求助，最近刚接触蛋白质分子模拟，对每个原子的partial charge感兴趣，但是查阅了不少资料找到的ff都不会在md过程中更新partial charge, polarized ff也不更新partial charge只是在md过程中引入了新的偶极，不知道是否有ff会在md过程中重新计算partial charge？

ZiyuSong · 发表于 Post on 2024-5-2 12:23:18

喵星大佬发表于 2024-5-2 09:09
amoeba只有诱导偶极部分是浮动的，其他部分都是固定的，至于原子电荷就是那个永久单极不需要额外计算。Open ...

谢谢回复！我想说的应该是通过永久电荷（单点，偶极多极）以及引入的偶极去描述当下的原子电荷分布？我个人觉得单一的原子电荷是不太靠谱，电荷分布可能在描述静电势能时更准确

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-5-2 09:09:41

本帖最后由喵星大佬于 2024-5-2 09:11 编辑

amoeba只有诱导偶极部分是浮动的，其他部分都是固定的，至于原子电荷就是那个永久单极不需要额外计算。OpenMM也能跑，而且更快不过成键项是简化过的
原子电荷浮动的力场是GFN-FF，ReaxFF这些

ZiyuSong · 发表于 Post on 2024-5-2 04:06:38

sobereva 发表于 2024-4-18 16:59
不是一码事，CHARMM浮动电荷力场原文看J Comput Chem 25: 1–15, 2004、J Comput Chem 25: 1504–1514, 2 ...

啊多谢老师，但看了一下这个CHARMM-FQ力场很久没有更新也没人用了，貌似还是tinker 那个amoeba用的比较多一些，那请问老师有办法通过permanent monopole/dipole moments和induced dipole moments计算当下的原子电荷呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-18 16:59:44

ZiyuSong 发表于 2024-4-18 12:19
哇老师厉害了，这个是不是就是那个CHARMM-Drude力场？那我不是在gromacs里就可以跑了！现在还能报名groma ...

不是一码事，CHARMM浮动电荷力场原文看J Comput Chem 25: 1–15, 2004、J Comput Chem 25: 1504–1514, 2004
现场名额早满了，不到场参加可以报

ZiyuSong · 发表于 Post on 2024-4-18 12:19:56

sobereva 发表于 2024-4-18 10:35
例如CHARMM浮动电荷力场

哇老师厉害了，这个是不是就是那个CHARMM-Drude力场？那我不是在gromacs里就可以跑了！现在还能报名gromacs培训班吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-18 10:35:42

例如CHARMM浮动电荷力场

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[蛋白质建模] 求助，请问有无在蛋白MD过程中更新且输出partial charge的力场