径向分布函数计算出的数值很大是否有问题

Treein · 发表于 Post on 2024-4-22 10:29:48

本帖最后由 Treein 于 2024-4-22 11:48 编辑

我在gromacs中输入指令计算模型的径向分布函数（一刚性无限长碳纳米管表面吸附的有机小分子以及碳管表面的水分子的分布）
问题是：
1.其计算出的g(r)数值很大（特别是碳管表面的水数值很大且不归一，小分子不归一我理解的是由于其吸附在碳管上所导致所以还可以理解它归零）。对比相似的文献（其纵坐标小很多，且最后归一化），所以我不知道是不是哪里出了问题，希望各位老师能帮我看看，感激！
2.我r_max取的盒子的一半为3nm，指令分别为

gmx rdf -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc-o rdf_1_surf.xvg -n index.ndx -ref SCNT -sel AA -bin 0.01 -surf mol -b 4800 -e5000 -pbc yes -rmax 3.0

gmx rdf -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc-o rdfh2o_1_surf.xvg -n index.ndx -ref SCNT -sel SOL -bin 0.01 -surf mol -b 4800-e 5000 -pbc yes -rmax 3.0不知道这个指令中的-surf mol是否适合这个体系？是否是这里不合适导致其分布函数有问题？

3.还是因为碳管中心有水且表面疏水所以导致其径向分布函数为这个形状？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-24 06:34:28

Treein 发表于 2024-4-23 14:34
老师您好，对于写这种脚本我不是很熟悉，能不能提供一个参考示例呢麻烦老师了
确实rdf的定义不太适合这 ...

举一反三。此例考察不同半径的球壳，可以改造成考察不同半径的圆柱层

VMD tcl脚本编写语法和例子在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的“VMD分析脚本的编写” 部分专门深入详细讲

Treein · 发表于 Post on 2024-4-23 14:34:07

本帖最后由 Treein 于 2024-4-23 14:48 编辑

sobereva 发表于 2024-4-23 09:40
这属于典型的乱用rdf
搞清楚rdf的定义就知道明显不是用rdf讨论问题的场合。这种体系应当自己写VMD tcl脚本 ...

老师您好，对于写这种脚本我不是很熟悉，能不能提供一个参考示例呢麻烦老师了
确实rdf的定义不太适合这个体系，那有没有更简单的描述物质在碳管上分布的方法呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-23 09:40:06

这属于典型的乱用rdf
搞清楚rdf的定义就知道明显不是用rdf讨论问题的场合。这种体系应当自己写VMD tcl脚本，统计相对于CNT的轴线不同半径的壳层内水和有机分子的数目

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