关于氯化胆碱与乳酸的低共熔溶液模拟的问题

azero · 发表于 Post on 2024-4-23 08:27:30

现在想构建一个氯化胆碱：乳酸=1:2，含水重量为20%的低共熔溶液，将使用GMX进行分子动力学模拟

①氯化胆碱的GAFF力场构建以及RESP电荷是使用Ch+这部分进行么，氯离子不用搭理？
②将Ch+，氯离子，乳酸，水分别使用packmol填充到盒子，然后使用GMX将钠离子替代部分水分子中和乳酸的电荷？
③MD过程不需要对氯离子约束，让其乱跑么

请大神们给我指点明津，谢谢~

HNUST · 发表于 Post on 2025-7-24 14:32:10

您好，请问问题解决了吗，加个好友私聊一下

azero · 发表于 Post on 2024-4-23 09:38:30

sobereva 发表于 2024-4-23 09:24
Ch+指代不明

氯化胆碱阳离子部分和乳酸的拓扑文件都可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产 ...

好的，谢谢SOB老师~
Ch+是指氯化胆碱阳离子部分，是我没讲清楚

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-23 09:24:06

Ch+指代不明

氯化胆碱阳离子部分和乳酸的拓扑文件都可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生。氯离子直接用AMBER力场目录下的ions.itp里的

是

不需要

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