关于寻找过渡态添加了显式溶剂后反应物和生成物优化的问题

tym1999 · 发表于 Post on 2024-4-24 10:16:26

使用Gaussian寻找到了一个A+B→C+D反应的过渡态，因为使用低共熔溶剂作为反应物和溶剂（物质B直接和低共熔中的氢键供体A发生反应），因为体系中含有氢键，认为应当把显式溶剂和隐式溶剂一起用，所以在反应中添加了一组显式溶剂，想问问在找到过渡态并通过irc验证之后，在使用和找过渡态相同的基组优化反应物和生成物时是直接把irc反应两端的结构进行优化，还是要把反应物中的A和B单独提取出来并加上显式溶剂进行优化呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-24 16:55:44

tym1999 发表于 2024-4-24 09:34
所以老师您的意思是把需要A和B分别提取出来并确保有一个反应物加上了显示溶剂环境，分别优化两个分子孤立 ...

对。而且这样优化出来得到的是直接和过渡态相连的反应物构象，未必是最稳定的反应物构象，要获得最稳定的反应物构象必须做构象搜索，包括显式溶剂分子的构型也要搜索

tym1999 · 发表于 Post on 2024-4-24 16:34:24

wzkchem5 发表于 2024-4-24 15:48
如果过渡态需要加显式溶剂才能算得准，那么一般来说至少有一个反应物也需要加显式溶剂。（例外情况是有的， ...

所以老师您的意思是把需要A和B分别提取出来并确保有一个反应物加上了显示溶剂环境，分别优化两个分子孤立状态下的结构吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-4-24 15:48:19

如果过渡态需要加显式溶剂才能算得准，那么一般来说至少有一个反应物也需要加显式溶剂。（例外情况是有的，这个需要你自己根据反应物结构来判断，判断的时候不需要管过渡态长什么样）

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[Gaussian/gview] 关于寻找过渡态添加了显式溶剂后反应物和生成物优化的问题