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[GROMACS] 蛋白双配体限制性动力学模拟bonds that rotated more than 30 degrees报错

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做限制性动力学时,显示键旋转的角度过大,然后报错,终止运算。

检查了一下step3446pdb发现,第一个配体谷氨酸的几个原子已经飞了出去

看了一下之前的能量极小化之后输出的em.gro,发现是没什么问题的

能量极小化过程也十分顺利,

下面是跑模拟的各种文件
pr.mdp (666 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)


DabAdeleteH.top (1.23 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

DabAdeleteH_Ion_chain_A2.itp (1005 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

glu H.itp (14.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) glu H.top (325 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1)

gpp H.itp (25.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) gpp H.top (325 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0)

posre_Ion_chain_A2.itp (335 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) posre_Protein_chain_A.itp (107.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

prosre_glu H.itp (927 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) prosre_gpp H.itp (1.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

pr.mdp是限制性动力学参数文件,DabAdeleteH.top是主拓扑文件,glu和gpp是两个配体。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-2 16:28:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-1 22:48
检查方式之前我提到的链接里该说的都说了,我没时间仔细检查和测试

感谢sob老师的回答

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发表于 Post on 2024-5-1 22:48:35 | 只看该作者 Only view this author
lxhpdx 发表于 2024-5-1 20:19
sob老师我先只模拟了在水溶液中蛋白和glu配体,模拟报错。
然后只模拟水溶剂中的蛋白,成功
然后模拟真 ...

检查方式之前我提到的链接里该说的都说了,我没时间仔细检查和测试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-5-1 22:36:04 | 只看该作者 Only view this author
lxhpdx 发表于 2024-5-1 20:29
sob老师,我在使用服务器计算时,安装Multiwfn——noGUI版本,调用noGUI安装包下中的RESP2_ORCA.sh时,显 ...

显然把脚本里的Multiwfn改成Multiwfn_noGUI
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-1 20:29:14 | 只看该作者 Only view this author
lxhpdx 发表于 2024-5-1 20:19
sob老师我先只模拟了在水溶液中蛋白和glu配体,模拟报错。
然后只模拟水溶剂中的蛋白,成功
然后模拟真 ...

sob老师,我在使用服务器计算时,安装Multiwfn——noGUI版本,调用noGUI安装包下中的RESP2_ORCA.sh时,显示找不到Multiwfn


但是我已经安装好了noGUI


老师这个怎么解决,要修改noGUI的路径嘛


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-1 20:19:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-25 06:10
照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8自行排查

sob老师我先只模拟了在水溶液中蛋白和glu配体,模拟报错。
然后只模拟水溶剂中的蛋白,成功
然后模拟真空中的glu配体,模拟失败
失败时显示以下报错

应该确定就是glu结构或者是top文件的问题
但是我没有发现到底哪里出了问题,还请老师指点
以下是真空下模拟glu配体的文件
box.gro (1.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) glu H.itp (14.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)


glu H.top (325 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

md.mdp (564 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2) prosre_glu H.itp (927 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)


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发表于 Post on 2024-4-25 06:10:45 | 只看该作者 Only view this author
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