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[CP2K] 关于CP2K做MM模拟遇到报错"A string type object was expected"

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本帖最后由 gingaorb 于 2024-5-3 01:29 编辑

各位小哥哥,各位大佬们,我是那个对CP2K软件MM模拟操作还不太灵光的小小白,最近很想用CP2K做基于分子力场的动力学模拟一直运行不起来,好崩溃啊~(┭┮﹏┭┮)
我模拟的体系中,包含64个水分子和一个丙酮酸分子(输入文件为MD.inp,结构文件为modified_unk0.pdb),力场是基于CHRAMM的par_all36_cgenff.prm,力场文件为“unk.prm”。
然后我是仿照站长大大在CP2K培训讲义里,MM部分的实例4:水中的氨基酸动力学模拟。水使用TIP3P的参数,其中包括,OW-HW成键项,HW-OW-HW键角项、OW和HW的LJ参数也就是非成键项。电荷使用CHARGE_BETA从PDB文件中读入,让CP2K自动GENERATE CREATE_MOLECULES,结构已经事先优化过了。
就在我觉得万事俱备的时候,它出现了让我意想不到的报错!!!
*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/       A string type object was expected, found end of line, File:    *
*    |                       'unk.prm', Line: 32, Column: 11                  *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                          input/cp_parser_methods.F:1252 *
*******************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            5 read_force_field_charmm
            4 force_field_control
            3 fist_init
            2 fist_create_force_env
            1 CP2K

为什么会这样(O_O)???我完全按照站长大大的讲义来的呀~到底哪里出了问题哇?我将我所有用到的文件都放在下面,如果有哪位大神知道怎么解决这个问题,麻烦指点一二。ヾ(*´ー`*)ノ゛先在这里谢过大家啦,希望有好心的大神能看到这个帖子,帮帮我这个软件小白!期待回复哦~ (๑′ᴗ‵๑)❤

unk.prm

6.1 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

modified_unk0.pdb

15.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

64droplet.out

8.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

MD.inp

1.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-4 03:58:51 | 只看该作者 Only view this author
我来更新一下,根据我最新尝试后的发现,我先用64个水分子的PDB文件,分别使用站长大大在CP2K培训实例中提供的“par_all22_prot+TIP3P.prm”和“par_all36m_prot+TIP3P.prm”力场,结果都可以顺利运行。
但是啊~当我按照站长大大同样的方法“加入OT-HT成键项,HT-OT-HT键角项、OT和HT的LJ参数也就是非成键项”,构成“par_all36_cgenff+TIP3P.prm”力场,就会出现如上报错:
*******************************************************************************
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/       A string type object was expected, found end of line, File:    *
*    |            'par_all36_cgenff+TIP3P.prm', Line: 1255, Column: 11        *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                          input/cp_parser_methods.F:1252 *
*******************************************************************************


===== Routine Calling Stack =====

            5 read_force_field_charmm
            4 force_field_control
            3 fist_init
            2 fist_create_force_env
            1 CP2K

很离谱啊!难道是CP2K不识别par_all36_cgenff.prm力场?
同样的,我仅用一个丙酮酸分子尝试也出现同样的报错~
想求教各位大神~这究竟是什么原因呢?(┭┮﹏┭┮)
(以上提到的所有文件,我都列在下面了~希望有好心人可以帮帮我这个小白白~先谢谢大家了!)

64Water.pdb

14.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

par_all36_cgenff TIP3P.prm

523.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

par_all36m_prot TIP3P.prm

176.94 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

64droplet.out

8.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

par_all22_prot TIP3P.prm

148.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

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