charmm力场描述纤维素会不会在发文章的时候被质疑呢？

ydq · 发表于 Post on 2024-5-6 21:00:52

各位老师，想问下，在看文献的时候，看见过charmm描述纤维素的，也见过glycam描述纤维素的。但我个人又有点儿操作不来Linux下的ambertool（刚学），得不到glycam的纤维素top，那我用charmm去描述纤维素，会不会在发文章的时候被质疑呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-8 20:06:51

GLYCAM是主流的糖力场

你现在的情况最好赶紧换别的方向，要不然几乎一定会延期毕业

chenzhe · 发表于 Post on 2024-5-8 14:21:23

ydq 发表于 2024-5-8 14:08
好的老师！主要是下半年年研三了，导师突然让我整这个东西，，害怕自己linux一下搞不定来不及延 ...

charmm本身不适合糖类分子（我没记错的话是糖那个环的键参数不对），不过有charmm修改版本（Carbohydrate Solution Simulations: Producing A Force Field With Experimentally Consistent Primary Alcohol Rotational Frequencies And Populations. doi:10.1002/jcc.10119）。不过用的最多的还是GLYCAM，可以用ambertools获得参数。另外linux和分子动力学没必然联系，不会分子动力学不要把锅摔到系统上

而且win用起来比linux麻烦多了，一堆东西要么用不了，要么非常麻烦才能用

ydq · 发表于 Post on 2024-5-8 14:08:17

sobereva 发表于 2024-5-8 06:55
真正正经做动力学模拟的（用M$的那些不算）没有不会用Linux的
“操作不来Linux”完全不是理由。这和用CHAR ...

好的老师

！主要是下半年年研三了，导师突然让我整这个东西，

，害怕自己linux一下搞不定来不及延毕，就看着有人用更好实现的charmm去描述发文章的，就想问问这个东西……

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-8 06:55:13

真正正经做动力学模拟的（用M$的那些不算）没有不会用Linux的
“操作不来Linux”完全不是理由。这和用CHARMM力场也没任何必然联系

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[GROMACS] charmm力场描述纤维素会不会在发文章的时候被质疑呢？

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