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[GROMACS] GROMACS安装遇到的报错

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楼主
各位老师好!按sob老师教程中遇到了以下报错
所用到的cmake版本为3.28.2
fftw版本为3.3.8
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:2575: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/awh/biasparams.cpp.o] Error 1
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
In file included from /home/wangzgjlu/software/gmx/gromacs-2018.8/src/gromacs/gmxana/gmx_disre.cpp:61:
/home/wangzgjlu/software/gmx/gromacs-2018.8/src/gromacs/mdlib/mdatoms.h:67:7: warning: 'gmx::MDAtoms' declared with greater visibility than the type of its field 'gmx::MDAtoms::mdatoms_' [-Wattributes]
   67 | class MDAtoms
      |       ^~~~~~~
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:3450: src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:166: all] Error 2
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
makefile中第166行代码为
$(MAKE) $(MAKESILENT) -f CMakeFiles/Makefile2 all


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发表于 Post on 2024-5-10 21:48:50 | 只看该作者 Only view this author
xyz0101 发表于 2024-5-10 21:31
老师,是这样显示的,gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)

编译过程用-j了没有?
用的话去掉重新编译
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-10 21:31:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-10 07:54
运行gcc --version看显示什么

老师,是这样显示的,gcc (GCC) 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-28)

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发表于 Post on 2024-5-10 07:54:45 | 只看该作者 Only view this author
xyz0101 发表于 2024-5-9 16:40
老师抱歉,以下是Linux系统版本的信息:
LSB Version:        :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch:cxx-4.1-amd64: ...

运行gcc --version看显示什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-9 16:40:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 20:08
让你说的是linux具体发行版、具体版本

老师抱歉,以下是Linux系统版本的信息:
LSB Version:        :core-4.1-amd64:core-4.1-noarch:cxx-4.1-amd64:cxx-4.1-noarch:desktop-4.1-amd64:desktop-4.1-noarch:languages-4.1-amd64:languages-4.1-noarch:printing-4.1-amd64:printing-4.1-noarch
Distributor ID:        CentOS
Description:        CentOS Linux release 7.5.1804 (Core)
Release:        7.5.1804
Codename:        Core

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发表于 Post on 2024-5-8 20:08:24 | 只看该作者 Only view this author
xyz0101 发表于 2024-5-8 14:04
老师,您好!
我是按照http://sobereva.com/457,在linux系统下安装的,GROMACS 2018.8压缩包。

让你说的是linux具体发行版、具体版本
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 14:04:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-8 06:56
交代清楚用的操作系统和版本
若是较新的系统就编译较新的gromacs

老师,您好!
我是按照http://sobereva.com/457,在linux系统下安装的,GROMACS 2018.8压缩包。

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发表于 Post on 2024-5-8 06:56:35 | 只看该作者 Only view this author
交代清楚用的操作系统和版本
若是较新的系统就编译较新的gromacs
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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