蛋白配体复合物关于gmx genrestr 命令的作用

12313 · 发表于 Post on 2024-5-9 10:55:18

各位老师，我想问一下这个命令，gmx genrestr -f 配体.gro -o porse_配体.itp -fc 1000 1000 1000

2 （选择配体）

这个命令的目的是什么呢？感觉在整个模拟过程中没有什么作用，不知道对不对

12313 · 发表于 Post on 2024-5-13 11:38:32

sobereva 发表于 2024-5-13 05:06
放到配体的[moleculetype]字段后面，说明这对配体生效

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-13 05:06:23

12313 发表于 2024-5-12 21:05
老师，这个指令生成的porse_配体.itp文件里的内容，是不是要放到topol.top文件里的某个位置啊？

放到配体的[moleculetype]字段后面，说明这对配体生效

12313 · 发表于 Post on 2024-5-12 21:05:52

sobereva 发表于 2024-5-12 17:29
语义不明
忽略的话就等于没对配体分子用位置限制。动力学初期给配体像蛋白质一样加上位置限制势会更稳妥 ...

老师，这个指令生成的porse_配体.itp文件里的内容，是不是要放到topol.top文件里的某个位置啊？

12313 · 发表于 Post on 2024-5-12 20:40:20

sobereva 发表于 2024-5-12 17:29
语义不明
忽略的话就等于没对配体分子用位置限制。动力学初期给配体像蛋白质一样加上位置限制势会更稳妥 ...

好的，谢谢老师的建议

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-12 17:29:32

12313 发表于 2024-5-12 16:27
好的谢谢老师，那忽略这一步的话会对整个模拟结果有影响吗？

语义不明
忽略的话就等于没对配体分子用位置限制。动力学初期给配体像蛋白质一样加上位置限制势会更稳妥些

12313 · 发表于 Post on 2024-5-12 16:27:22

sobereva 发表于 2024-5-10 23:32
产生了对应于配体的位置限制势字段的文件，include到top里的配体分子[moleculetype]后头，就可以让配体分子 ...

好的谢谢老师，那忽略这一步的话会对整个模拟结果有影响吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-10 23:32:51

产生了对应于配体的位置限制势字段的文件，include到top里的配体分子[moleculetype]后头，就可以让配体分子位置基本不动

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[GROMACS] 蛋白配体复合物关于gmx genrestr 命令的作用