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[GROMACS] 关于WALL原子的设定问题

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目前想研究两种物质对水结冰的影响,所以就建立了如下的模型(下面是冰晶,上面是自由水和研究的物质),并且设置了WALL原子防止周期性边界条件使得冰晶从盒子上方生长,但是计算之后发现,下层的并经出现了融解的情况,不知道是否是墙原子的设置问题?

这里是我的md.mdp:
integrator = md
nsteps = 25000000 ;50 ns
dt = 0.002

comm_mode = Linear
comm_grps = System

nstenergy = 1000
nstlog = 1000
nstxout_compressed = 1000

continuation = yes
constraint_algorithm = lincs
constraints = h-bonds
lincs_iter = 1
lincs_order = 4

rlist = 1.2
rcoulomb = 1.2
rvdw = 1.2

cutoff_scheme = Verlet
coulombtype = PME
pme_order = 4

tcoupl = V-rescale
tc_grps = system
tau_t = 0.1
ref_t = 269

pcoupl = Parrinello-Rahman
pcoupltype = semi-isotropic
tau_p = 0.5
ref_p = 1.01325   1.01325  ; 1bar
compressibility = 4.5e-5  4.5e-5

pbc = xy
periodic_molecules = yes
DispCorr = EnerPres
gen_vel = no

nwall = 2
wall-atomtype = WALL WALL
wall-type = 12-6
ewald-geometry = 3dc
wall-r-linpot = -1

然后又尝试了另外一种建模形式,想通过冰晶上下分为两个部分,上面为研究物质的影响,下方为纯水的影响,但是发现纯水侧的变化很小,而上方的变化较大,而且上面的物质会进入下方纯水中,不知道是或否也需要设置WALL来隔断,或者设置真空层?

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