求助：能够在水溶液中质子化的有机分子的拓扑文件的获取

荒原小镇

各位老师好，我最近在尝试使用gromacs去做一个阳离子表面活性剂在水溶液中的自主装动力学研究，这个分子结构中含有8个伯氨结构，在中性水溶液中应该是完全质子化的状态。我在获得拓扑文件的时候是先用gaussian进行结构优化，然后使用sob老师的Multiwfn和sobtop计算RESP电荷和获取拓扑文件。然后我目前有几个问题想向各位老师请教：
1、我用gaussview直接构建了质子化后的分子结构，就是-NH3+的结构用于后面的结构优化和动力学模拟，不知道这样是否正确；
2、我在使用gaussian进行结构优化的时候是否需要加入水模型，是否要加入反离子呢；
3、我后续使用Multiwfn计算分子的表面静电势分布的时候，发现分子的静电势非常大，极性表面积占了100%，是不是不能使用质子化后的分子进行这个计算，而需要使用质子化前的分子呢。
小弟最近刚开始学习这些知识，如果有问的不对的地方，还请海涵。

荒原小镇

sobereva 发表于 2024-5-14 08:11
1 正确
2 水模型带着。抗衡离子不用
3 本来就该这样。阳离子体系表面静电势一般都处处为非常大的正值，必 ...

好的，太谢谢社长了。

sobereva

1 正确
2 水模型带着。抗衡离子不用
3 本来就该这样。阳离子体系表面静电势一般都处处为非常大的正值，必定超过Multiwfn对极性表面的判断阈值