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[GROMACS] ddtpd得到的自由能形貌图求教

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社长好!按您的教程(http://sobereva.com/73 浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtpd+sigmaplot做自由能面图的方法)
使用ddtpd画了一个Free Energy Landscape。

想请问一下这种形貌图的横纵坐标单位是什么呀?直接用PC1 / PC2可以么?
另外是否可以让横纵坐标轴对称一下呢?
因为我这里得到的图横纵坐标不对称很难看。


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发表于 Post on 2024-5-17 03:48:18 | 只看该作者 Only view this author
不需要对称,而且本来也没法做对称化
坐标轴名字就写PC1、PC2。单位和当前轨迹的坐标单位一致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-16 22:35:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-16 00:27
别人不可能看到你本地路径的文件
仔细看置顶的社员必读贴了解怎么正确贴图


谢谢社长!

我又重新上传了一下这个图片。
请您再帮忙看一下。谢谢!!

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发表于 Post on 2024-5-16 00:27:42 | 只看该作者 Only view this author

别人不可能看到你本地路径的文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-15 09:24:37 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2024-5-14 07:19:20 | 只看该作者 Only view this author
看不到图
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