[脚本] 用Multiwfn批量将结构优化结果生成cp2k输入文件

stishovite · 发表于 Post on 2024-5-14 09:45:37

本帖最后由 stishovite 于 2024-5-14 17:16 编辑

用cp2k优化完结构后，输出了很多*.pdb文件。进行后面的计算，需要用Multiwfn打开*.pdb重新生成cp2k输入文件，如果手动操作，十分麻烦。
受到sob老师详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)，以及坛友相关帖子的启发，编了一个脚本用于解决上面的问题。

脚本内容如下：

@echo off
for %%i in (*.pdb) do (
D:\Multiwfn\Multiwfn.exe %%i < pdb2inp.txt
)
if not exist ".\task" mkdir ".\task"
for %%f in (*.inp) do (
move %%f ".\task\" > nul
)
set "inplist=.\task\inplist.sh"
if exist "%inplist%" del "%inplist%"
for %%f in (.\task\*.inp) do (
echo mpirun -np 4 cp2k.popt %%~nxf ^|tee %%~nf.out >> "%inplist%"
)
echo All done!

复制代码

指令文件pdb2inp.txt的内容如下：

100 // Other functions (Part 1)
2 // Export input file
25 // CP2k
-1 // Choose task
1 // Energy
0 // Gernerate
0 // Return
q //quit

复制代码

该脚本仅适用于Windows，说明：

1. 要和*.pdb文件放在同一个目录下，运行时自动调用Multiwfn.exe，因此需要将D:\Multiwfn\Multiwfn.exe修改为实际地址。
2. Multiwfn的操作指令在pdb2inp.txt内，可以根据实际需求修改。
3. 自动将*.pdb转换完的*.inp文件存入task文件夹，并生inplist.sh用于批量提交任务.
4. 使用时，可根据实际需求修改脚本中的内容，例如要转换的文件格式（*.pdb）、Multiwfn的操作指令（pdb2inp.txt）、存放inp文件的目录名称（task）和批量提交任务文件的内容（mpirun -np 4）。

p.s. 本人刚开始学习第一性原理计算，有很多不懂，头很大，欢迎大家留言讨论。

pdb2inp.bat (379 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4)

pdb2inp.txt (140 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)

stishovite · 发表于 Post on 2024-5-14 18:09:20

sobereva 发表于 2024-5-14 18:00
传入Multiwfn的命令实际上还可以简化

以下部分可以改为直接在主界面输入cp2k

感谢sob老师的回复，近距离感受到了您对高效简洁的极致追求。p.s. 后面部分没有省略的原因是，如果要选择其他任务，可以便于对照修改。

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-14 18:00:35

传入Multiwfn的命令实际上还可以简化

以下部分可以改为直接在主界面输入cp2k
100 // Other functions (Part 1)
2 // Export input file
25 // CP2k

以下部分可以省略，默认就是算单点任务
-1 // Choose task
1 // Energy

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[CP2K] [脚本] 用Multiwfn批量将结构优化结果生成cp2k输入文件

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