求助lammps怎么对体系进行Parrinello-Rahman控压

myyy · 发表于 Post on 2024-5-15 10:35:46

各位大佬，在做水合物分解模拟时看到有的文献中用p-r控压，有的文献用berendsen控压，请问这两个控压有什么区别。还有就是在lammps中怎么设置p-r控压参数，查了好多资料发现就是fix npt，但详细的参数不知道怎么设置。

myyy · 发表于 Post on 2024-5-16 10:58:40

sobereva 发表于 2024-5-15 23:40
Berendsen压浴为人诟病的是没法产生精确的NPT系综、体积波动不正确，虽然对于不是很小的体系这并没有太大实 ...

明白了，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-15 23:40:05

Berendsen压浴为人诟病的是没法产生精确的NPT系综、体积波动不正确，虽然对于不是很小的体系这并没有太大实际问题，但容易被审稿人comment
PR没有Berendsen压浴的问题，但额外的问题是容易在盒子尺寸整体变化的过程中出现震荡行为
所以盒子尺寸没平衡状态适合Berendsen压浴，平衡了的状态适合PR压浴

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