求助：GROMACS GPU调用率极低

17-li · 发表于 Post on 2024-5-16 14:45:25

安装的是gromacs 2024.4，提交任务的命令是

nohup gmxmdrun -pin on -ntmpi 1 -ntomp 12 -deffnm WTfx_HPEP1_gpumd -v &

一共需要跑100 ns，现在一天只能跑大概10 ns，GPU占用率大部分这时候只有7%，甚至3%

clock1993 · 发表于 Post on 2024-5-21 10:02:13

http://bbs.keinsci.com/thread-35986-1-1.html，可以看下Entropy.S.I老师的相关帖子，gmx的GPU加速任务是cpu+gpu的混合任务，cpu资源不足也会极大的拖慢程序运行。

17-li · 发表于 Post on 2024-5-21 09:26:31

suyanxu 发表于 2024-5-17 12:52
你可以参考一下这篇帖子里的方法调试一下http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=13861
另 ...

感谢回复，我后来把之前用CPU跑的一个gmx任务杀掉后，这个调用GPU的任务一下子就速度上来了，GPU占用率目前是72%左右，基本正常。但我不知道为什么CPU的任务会影响GPU调用

suyanxu · 发表于 Post on 2024-5-17 12:52:43

你可以参考一下这篇帖子里的方法调试一下http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=13861
另外把log文件打开看看是不是pme任务没放到gpu上跑啊

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[GROMACS] 求助：GROMACS GPU调用率极低