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[GROMACS] 请问怎么做一个关于某些分子的质心为参考选取径向分布函数的图呀?

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请问一下各位老师,我这个盒子里面有100个成团的尼古丁分子,周围还有一些N2 O2,我想做一个是以这100个尼古丁分子的质心为参考选区,N2 O2 以及尼古丁分子为分布选区的径向分布图该怎么做呀,我用gmx rdf 的命令gmx rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -ref "res_com of resname ABU6" -sel "res_com of resname YXZZ" "res_com of resname HW4K" "res_com of resname ABU6" -bin 0.01 -norm number_density总是不对,请问是命令的问题吗?(YXZZ HW4K ABU6分别是O2 N2 尼古丁分子的残基名)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 09:18:48 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师指导

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发表于 Post on 2024-5-20 02:07:14 | 只看该作者 Only view this author
gaochangcheng 发表于 2024-5-19 17:35
好的,谢谢sob老师回复,请问老师怎么才能取整个簇的质心呀,并且后面要看氮气氧气以及尼古丁(簇由该分 ...

用com of
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-19 17:35:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-16 21:32
-sel后头没法加好几个双引号扩住的部分。所有对象写到一个双引号里面

显然不能用res_com of resname ABU ...

好的,谢谢sob老师回复,请问老师怎么才能取整个簇的质心呀,并且后面要看氮气氧气以及尼古丁(簇由该分子组成)分子的分布,命令是直接-sel " YXZZ HW4K ABU6" 吗谢谢

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发表于 Post on 2024-5-16 21:32:59 | 只看该作者 Only view this author
-sel后头没法加好几个双引号扩住的部分。所有对象写到一个双引号里面

显然不能用res_com of resname ABU6,搞清楚res_com的含义,这会把每个残基质心分别作为一个参考组计算并且结果取平均,而不是取整个簇的质心

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题,注意看群规(http://sobereva.com/QQrule.html),以及论坛置顶的论坛新社员必读贴
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