求助Gaussian有机大体系弱相互作用结构优化计算方法的选择

xiewei

老师您好，我计算的体系是主族元素的有机体系，他们通过氢键连接，涉及到200多个原子，用的软件是gaussain，我想请问一下我对体系做分子团簇构型搜索时先用xtb优化，结构去重后将相对能量<=3kcal/mol的剩余结构用b3lyp/6-31g(d) em=gd3bj优化，然后再去重一次对将相对能量<=3kcal/mol的结构用b3lyp/6-311G(d,p) em=gd3bj进一步优化得到最稳定的结构。请问这样的优化方法合理吗？老师是否有更合理的优化方法推荐。

sobereva

xiewei 发表于 2024-5-25 22:29
老师再麻烦您一个问题，我采用您的建议让molclus先用6-311+G(d,p)对各个xtb之前优化完的结构算单点，取能 ...

你若算得动就多往上取几个，以增强信心

xiewei

sobereva 发表于 2024-5-21 03:03
优化可以用更小6-31G*，之后再用molclus调用Gaussian对这些结构依次在6-311+G(2d,p)下算单点并按照能量排序 ...

老师再麻烦您一个问题，我采用您的建议让molclus先用6-311+G(d,p)对各个xtb之前优化完的结构算单点，取能量最低的1.5 kcal/mol范围内的结构再做DFT优化，xtb优化完我是取的相对能量<=3kcal/mol结构做高精度能量计算，然后能量排序后能量最低的1.5 kcal/mol范围内的结构只有一两个了，这样的数量是不是太少了，能得到最稳定的结构吗？

sobereva

xiewei 发表于 2024-5-21 09:28
老师还有两个问题请教一下您：
1、上面第一个说的先用6-31G*优化，再用6-311+G(2d,p)算单点能得出来的结 ...

1 看具体体系，大概率这个级别能够正确区分能量顺序关系，除非能量最低的两个或多个结构的能量相差极小

2 后者

带D3的时候必须写成B3LYP-D3而绝对不能写成B3LYP

xiewei

sobereva 发表于 2024-5-21 03:03
优化可以用更小6-31G*，之后再用molclus调用Gaussian对这些结构依次在6-311+G(2d,p)下算单点并按照能量排序 ...

老师还有两个问题请教一下您：
1、上面第一个说的先用6-31G*优化，再用6-311+G(2d,p)算单点能得出来的结果中能量最低的结构我可以认为是最稳定的一个结构了吗?不需要再进行下一步计算了吧
2、在第二个中先用6-311+G(d,p)对各个xtb之前优化完的结构算单点，那么我用xtb算了1000个结构，那我需要对这1000结构都用6-311+G(d,p)算单点能吗？还是可以取相对能量<=3 Kcal/mol的结构算？

我想采用第二种方法先减少一下需要优化的结构数量，然后采用b3lyp/6-311G(d,p)进行优化，因为之前优化单体结构就是用的b3lyp/6-311G(d,p)，所以想统一 一下

sobereva

优化可以用更小6-31G*，之后再用molclus调用Gaussian对这些结构依次在6-311+G(2d,p)下算单点并按照能量排序。
也可以让molclus先用6-311+G(d,p)对各个xtb之前优化完的结构算单点，取能量最低的1.5 kcal/mol范围内的，再做上面的事，这样可以减少要被优化的体系数目，毕竟200原子体系DFT优化还是挺贵的。