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[GROMACS] 跑蛋白质ATP体系模拟,gromacs限制性动力学步骤出错

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本帖最后由 xiaoai 于 2024-5-21 14:22 编辑

按照教程尝试跑蛋白质ATP体系模拟,进行至限制性动力学gmx mdrun -v -deffnm pr报错。

202405202215543429..png (63.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

202405202215543429..png

6ee35c2f3bae47ff5835fb294475141.png (20.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

6ee35c2f3bae47ff5835fb294475141.png

2be26e8fa3a9e305e191d48d2369186.png (68.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

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限制性动力学相关脚本.zip

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发表于 Post on 2024-5-22 05:45:56 | 只看该作者 Only view this author
xiaoai 发表于 2024-5-21 16:17
老师,刚刚尝试将步长改为0.5fs发现mdrun不报错。想知道除了步长过长导致体系不稳定之外,我的前面拓扑文 ...

我没时间具体去检查拓扑文件
0.5 fs跑几百ps后,切换成2fs继续跑,如果又崩了,按照http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说的检查
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 16:17:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-21 00:17
拓扑文件也没给完整,结构文件也没有,mdp也不给,根本无从判断
拓扑文件别贴截图,直接压缩后上传

老师,刚刚尝试将步长改为0.5fs发现mdrun不报错。想知道除了步长过长导致体系不稳定之外,我的前面拓扑文件等设置有没有其他问题

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发表于 Post on 2024-5-21 00:17:51 | 只看该作者 Only view this author
拓扑文件也没给完整,结构文件也没有,mdp也不给,根本无从判断
拓扑文件别贴截图,直接压缩后上传
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发表于 Post on 2024-5-21 00:15:55 | 只看该作者 Only view this author
不要自己在标题里写难看的【gromacs报错】这种标签,这次给你改了,以后注意!
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