“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办，这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会！请点击此链接查看详情和报名方式，欢迎参加！

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会！报名正在进行中，请点击此链接查看详情，欢迎参加！

捐赠本论坛 (Donate this site)
开启辅助访问 切换到宽版

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 用pymol打开导出轨迹文件时，各离子显示为点，应该怎么 ...
返回列表 Return 发新帖
Views: 907|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 用pymol打开导出轨迹文件时，各离子显示为点，应该怎么解决?

[复制链接 Copy URL]
Willow0114

95

帖子

0

威望

331

eV
积分
426

Level 3 能力者
跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
发表于 Post on 2024-5-22 09:44:45 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |正序浏览 |阅读模式 Reading model
我输入gmx trjconv -s md.tpr -f md_center.xtc -o md_dt5000.pdb -dt 5000命令生成的文件，用pymol打开后如下图所示，但当我用pymol打开用-dump 5000命令输出的文件时又显示正常，这是为什么？

Untitled.png (23.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 33)

-dt 5000

-dt 5000

Untitled.png (69.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

-dump 5000

-dump 5000
回复 Reply

举报 Report

返回列表 Return 发新帖

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-20 13:39 , Processed in 0.462407 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list