构型搜索生成的isomer文件的原子坐标与备份的out文件的原子坐标不一致

xiewei · 发表于 Post on 2024-5-22 16:55:30

老师您好，我用molclus程序对一个体系做构型搜索，我将生成的isomer文件中的某一帧结构的原子坐标复制生成了一个gjf文件，然后找到相对应帧数的备份out文件，用gauss view另存为gjf文件，打开后发现它两的原子坐标不一致，但是用gauss view打开来看结构是一致的，请问这是为什么呀？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-5-22 18:39:17

xiewei 发表于 2024-5-22 10:59
请问老师这个如何进行检查和修正呢？是否有相关的帖子介绍，我对这个知识不怎么了解，谢谢老师回复

仔细阅读http://sobereva.com/297以及https://bdf-manual.readthedocs.i ... tandard-orientation

xiewei · 发表于 Post on 2024-5-22 17:59:22

wzkchem5 发表于 2024-5-22 17:06
检查是不是标准取向以及坐标原点不一致

请问老师这个如何进行检查和修正呢？是否有相关的帖子介绍，我对这个知识不怎么了解，谢谢老师回复

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-5-22 17:06:37

检查是不是标准取向以及坐标原点不一致

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[Molclus] 构型搜索生成的isomer文件的原子坐标与备份的out文件的原子坐标不一致