计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 666|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Gaussian/gview] 做一个离子体系(阴离子B -1,阳离子肼+1)的氢转移过渡态的时候遇到问题

[复制链接 Copy URL]

121

帖子

0

威望

906

eV
积分
1027

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
各位老师大家好!在做一个离子体系(阴离子B -1,阳离子肼+1)的氢转移过渡态的时候,遇到如下问题:

阳离子为肼离子,在M062X/6-311++G**下进行结构优化(还试过了PBE0,B3LYP,MN15等等,基组也试过了很多了,不管能不能用,都试的那种),不管怎么优化,肼离子上的H原子都会到阴离子上,首先说明下初始模型是我从晶胞抠出来的,但是,我用Molclus进行构象搜索(做了200个),得到的结构跟初始模型是一样的。然后我就想着直接做过渡态(不优化反应物,直接做),但是一直振荡,帖子中所有的办法都试过了,所有挨个试的。后来,我采用了溶剂模型,iefpcm跟smd都试过了,在溶剂化模型的作用下,H原子不到阴离子上了,但是这个情况是不管怎么找过渡态都到不了了(产物不能稳定存在)。我同样采用构象搜索的办法用HB(阴离子加H,模拟成氢转移完成的产物)与N2H4进行搜索,HB上的H都回到阳离子上了。现在的情况总结一下就是,不加溶剂模型,反应物不能存在(H会直接到阴离子上),加了,产物就存在不了了。溶剂模型我用的参数是eps=51.7(肼的)。我从晶胞中接着抠出一些分子想做个显式模型,但是这一段时间算下来,结果是一样的。之后,我固定了其中的重原子,这个过渡态马上就找到了。

想请教各位老师,现在这种情况怎么解决,请各位老师给个办法,谢谢各位老师!


343

帖子

1

威望

6998

eV
积分
7361

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2024-5-28 14:53:39 | 只看该作者 Only view this author
不是我开发的,好用的东东分享给社友!

121

帖子

0

威望

906

eV
积分
1027

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-28 08:54:45 | 只看该作者 Only view this author
zsu007 发表于 2024-5-28 08:19
可以试试OAReactDiff寻找过渡态:
https://github.com/chenruduan/OAReactDiff
https://www.nature.com ...

好的大佬,第一次接触这个代码,看到了这篇文章了,非常厉害,冒昧地问一句,请问这是您开发的吗,确实很厉害!

343

帖子

1

威望

6998

eV
积分
7361

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2024-5-28 08:19:17 | 只看该作者 Only view this author

269

帖子

0

威望

1758

eV
积分
2027

Level 5 (御坂)

2#
发表于 Post on 2024-5-26 23:40:42 | 只看该作者 Only view this author
路易斯酸碱反应经常没有过渡态。

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 19:47 , Processed in 0.167188 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list