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[GROMACS] 如何用gmx建油水界面的盒子?

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本帖最后由 samuel 于 2024-5-31 23:55 编辑

如何用gmx建油水界面的盒子?

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发表于 Post on 2025-1-8 20:37:01 | 只看该作者 Only view this author
-hello- 发表于 2025-1-7 22:59
你好 请问你解决了吗 我也遇到了这个问题

生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2025-1-8 20:36:41 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-9-20 21:55
你好,请问你找到竖直定向排布的方法了吗,我想构建油-表面活性剂-水体系,让表面活性剂均匀排布在界面上 ...

用genmixmem是最好的方法
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2025-1-8 11:56:08 | 只看该作者 Only view this author
-hello- 发表于 2025-1-7 22:59
你好 请问你解决了吗 我也遇到了这个问题

https://zhuanlan.zhihu.com/p/398634592
可以参考这个

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发表于 Post on 2025-1-7 22:59:35 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2024-9-20 21:55
你好,请问你找到竖直定向排布的方法了吗,我想构建油-表面活性剂-水体系,让表面活性剂均匀排布在界面上 ...

你好 请问你解决了吗 我也遇到了这个问题

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发表于 Post on 2024-9-20 21:55:30 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2024-5-31 18:41
谢谢您了,我还想请教一下您就是怎么在packmol里面定向排列分子,困扰了我好几天了,如下图所示,里面有2 ...

你好,请问你找到竖直定向排布的方法了吗,我想构建油-表面活性剂-水体系,让表面活性剂均匀排布在界面上

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发表于 Post on 2024-6-3 10:58:54 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2024-6-3 10:27
能接受那也行了,反正跑起来都会略微散

我想哭呀,还是和文献里面的不一样

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发表于 Post on 2024-6-3 10:27:56 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2024-6-1 20:36
谢谢您了,我自己做就只能做到这种程度了,我是用packmol直接建模的,还是不能理解怎么使它排列整齐

能接受那也行了,反正跑起来都会略微散
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

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发表于 Post on 2024-6-1 20:36:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 science_6 于 2024-6-3 09:01 编辑
Graphite 发表于 2024-6-1 18:21
这个建了一个之后镜像复制就可以了,设置pbc条件中某轴长0.45nm,另两轴足够长,然后VMD TopoTools::repl ...

谢谢您了,我自己做就只能做到这种程度了,我是用packmol直接建模的,还是不能理解怎么使它排列整齐

屏幕截图 2024-06-03 084831.png (379.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

屏幕截图 2024-06-03 084831.png

屏幕截图 2024-06-03 085154.png (174.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

屏幕截图 2024-06-03 085154.png

屏幕截图 2024-06-03 085829.png (45.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

这个是inp文件

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发表于 Post on 2024-6-1 18:21:25 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2024-5-31 18:41
谢谢您了,我还想请教一下您就是怎么在packmol里面定向排列分子,困扰了我好几天了,如下图所示,里面有2 ...

这个建了一个之后镜像复制就可以了,设置pbc条件中某轴长0.45nm,另两轴足够长,然后VMD TopoTools::replicate_mol可以实现你的需求,OVITO界面里面也有。
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发表于 Post on 2024-5-31 18:41:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 science_6 于 2024-6-1 09:14 编辑
Graphite 发表于 2024-5-31 17:38
1.选取目标原子组如sel,set sel [atomselect语句]
2.对设置的$sel组应用move指令,$sel move [transaxi ...

谢谢您了,我还想请教一下您就是怎么在packmol里面定向排列分子,困扰了我好几天了,如下图所示,里面有20个分子,左右长47.2nm,根据XRD值检测到每个分子之间的d-间距为0.45 nm,怎么才能使它在packmol里面定向排列呀?这个是竖直排列在里面的。

gel.png (294.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

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发表于 Post on 2024-5-31 17:38:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Graphite 于 2024-5-31 17:42 编辑
science_6 发表于 2024-5-31 15:45
请问vmd有什么方法或者命令能让分子与其x/y/z轴对齐,本人新手一枚,不太懂这个怎么对齐

1.选取目标原子组如sel,set sel [atomselect语句]
2.对设置的$sel组应用move指令,$sel move [transaxis x 90]
move指令接收一个变换矩阵,不过绕x/y/z轴常用变换矩阵,可以用transaxis x/y/z 角度生成。
可以先把指示轴显示出来,或者用pbc box把盒子显示出来,再慢慢调。结果存到pdb或者xyz都行。

另外如果分子不大的话,也可以直接用Chemcraft的Drag工具拖曳、旋转分子,存为xyz文件。


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发表于 Post on 2024-5-31 15:45:04 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2024-5-30 22:05
constrain_rotation x/y/z [目标转动角度] [允许偏差]
可以先在vmd里通过move把分子对齐到x/y/z轴,这样 ...

请问vmd有什么方法或者命令能让分子与其x/y/z轴对齐,本人新手一枚,不太懂这个怎么对齐

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发表于 Post on 2024-5-31 14:57:03 | 只看该作者 Only view this author
Graphite 发表于 2024-5-30 22:05
constrain_rotation x/y/z [目标转动角度] [允许偏差]
可以先在vmd里通过move把分子对齐到x/y/z轴,这样 ...

是先在vmd里面把一个分子对齐到x/y/z轴,然后再将这个分子保存成pdb格式,然后再用packmol固定吗?

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发表于 Post on 2024-5-30 22:05:02 | 只看该作者 Only view this author
science_6 发表于 2024-5-30 21:43
你好,请教你一下如何使用packmol把20多个分子竖直的固定在盒子里面,需要用到什么命令

constrain_rotation x/y/z [目标转动角度] [允许偏差]
可以先在vmd里通过move把分子对齐到x/y/z轴,这样好设计一点
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