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[GROMACS] 求助:结冰模拟时总有一团水分子不能结冰成功

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以中间是冰两侧是水的模型进行水结冰的模拟(.mdp文件已上传),发现左侧的水在50ns时基本已完成结冰(图1),而右侧一直有一团水在不断移动一直不结冰,移动到哪里就会破坏掉那里已经结好的冰晶结构(图2为75ns时,水团簇向下移动了一点;图3为100ns时,水团簇移动到中间,破坏了原来在中间的冰晶)。这是因为结冰过程中边缘先结冰导致里面的空间受限制水分子无法变成体积更大的冰晶吗?这种情况应如何解决,希望各位老师能指点一二

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发表于 Post on 2024-6-2 09:23:45 | 只看该作者 Only view this author
Mr.zhen 发表于 2024-6-1 14:37
您的意思是需要在md之前进行一次npt吗?我是em之后直接进行的md,之前一直不太清楚npt这步的作用,好像只 ...

水和冰的密度明显不同,模拟结冰显然得用控压,要不然盒子尺寸不合适
“npt的nsteps设多少比较好” 语义不明。正确理解NPT这个词,这是指系综,而不是什么具体计算步骤/阶段
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-1 14:37:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-1 10:04
如果是体相的模拟,用全各向异性控压再试

您的意思是需要在md之前进行一次npt吗?我是em之后直接进行的md,之前一直不太清楚npt这步的作用,好像只有热浴压浴不一样,也不知npt的nsteps设多少比较好,所以计算时忽略了

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发表于 Post on 2024-6-1 10:04:49 | 只看该作者 Only view this author
如果是体相的模拟,用全各向异性控压再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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