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[GROMACS] MSD应该是在NPT下还是在成品区间采样的问题

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楼主
本帖最后由 jlyjlysjd 于 2024-6-5 18:29 编辑

我想讨论溶液浓度对离子电导率的影响。
请问MSD是不是应该在体系已经完全平衡时进行采样呢,也就是在成品模拟中采样呢,但是我看有一篇教程却是在NPT中进行取样的,这一点我比较疑惑。
我的NPT是采用退火模拟到298K。
请问对于浓度与离子电导率的关系这个问题,应该是在NPT下采样呢还是在成品模拟中采样呢?

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发表于 Post on 2024-6-5 21:36:40 | 只看该作者 Only view this author
jlyjlysjd 发表于 2024-6-5 19:23
好的sob老师,那这个问题就是:我想统计不同浓度对离子迁移率的影响,那统计MSD是不是应该在在产生相中统 ...

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-5 19:23:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-5 19:07
不要乱用NPT这个词
我已经回复过不知多少回了,NPT是动力学过程用的系综,只能说比如“平衡相阶段用了NPT ...

好的sob老师,那这个问题就是:我想统计不同浓度对离子迁移率的影响,那统计MSD是不是应该在在产生相中统计呢,而不应该在平衡相内统计呢?

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发表于 Post on 2024-6-5 19:07:47 | 只看该作者 Only view this author
不要乱用NPT这个词
我已经回复过不知多少回了,NPT是动力学过程用的系综,只能说比如“平衡相阶段用了NPT系综”、“用NPT系综做了产生相模拟”等等。所谓的“成品”(正确叫法是“产生相”)和NPT根本不是一个层面的概念。NPT、NVT、NVE等是一个层面的,平衡相和产生相是一个层面的。“在NPT中进行取样的”完全属于莫名其妙的描述

一些教程里乱用词,绝对不要效仿。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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