多肽自组装，如何构建多个两分子体系。使两分子的初始结构相对位置保持一致

mtpeng · 发表于 Post on 2024-6-6 11:59:51

各位老师好，对于多肽自组装模拟，我目前的策略是二聚体模拟，构建相距一定距离的两分子初始结构进行模拟，因为需要对比多个多肽序列，所以需要保证初始结构中两分子相距的距离相同（或者说如何排除这个变量的影响），这可以如何实现？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-7 00:20:13

写VMD脚本，获得两个分子间最近距离及对应的两个原子，然后将要求的距离与当前距离求差，顺着两个原子方向移动相应距离即可

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[GROMACS] 多肽自组装，如何构建多个两分子体系。使两分子的初始结构相对位置保持一致