固定原子跑MD，为什么看轨迹的时候发现分子是在动的

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-12-6 20:51:32

在进行跑平衡的时候将分子固定了，但是跑完MD后看轨迹的时候发现分子是在动的，而且幅度比较大，这是什么原因呢

namd学者 · 发表于 Post on 2021-5-6 21:53:18

zhaoxin 发表于 2016-12-7 14:24
我再试试看吧，谢谢sob老师

请问一下，NAMD中固定原子的命令是什么呢

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-12-7 14:24:51

我再试试看吧，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-7 12:59:34

zhaoxin 发表于 2016-12-7 09:14
sob老师，我是用vmd搭建的体系，namd跑的平衡，对分子加了一个谐振力，应该是在小范围里可以运动，但是实 ...

NAMD我不熟，你可以把谐振势力常数设大点再看看。或者索性用冻结把坐标彻底固定住

zhaoxin · 发表于 Post on 2016-12-7 09:14:05

sob老师，我是用vmd搭建的体系，namd跑的平衡，对分子加了一个谐振力，应该是在小范围里可以运动，但是实际上运动太大了，尤其是y轴，从-25运动到了25处，我反复检查了自己的文件没发现错误，请sob老师看看

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-6 22:56:01

得说明具体什么程序跑的、怎么固定的
根据你的描述只能认为是固定方式不对，没生效
或者你用的不是冻结，而是位置限制，这样肯定还是会在参考位置上振动

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