LAMMPS反应力场模拟出现“lost atoms”报错如何解决？

evenn · 发表于 Post on 2024-6-13 10:43:12

本帖最后由 evenn 于 2024-6-14 09:00 编辑

LAMMPS反应力场模拟出现“lost atoms”报错如何解决？

各位老师好，我目前在做反应力场热解模拟，
1.在300K，NVT下对模型平衡了60ps；
2.在300-2800K以10k/ps进行了升温热解，用dump文件中最后一帧的模型作为下一步恒温热解的初始构型。
（1，2这两步是同一个in文件里的部分）

3.在2800K下进行恒温热解，没跑几步就出现lost atoms的报错是什么原因呢？
昨天还尝试了1跑完之后输出构型，当作2的初始构型，也是频繁的出现lost atoms的报错，导致一直没有完整的跑完。

之前都放在同一个in文件跑下来就没出现过这种问题。谢谢各位老师解答！

evenn · 发表于 Post on 2024-6-14 19:20:15

本帖最后由 evenn 于 2024-6-14 19:25 编辑

问题已解决.应该是用的核数问题..
之前一直用别的核数，想想最近频繁出现lost atoms的报错都是使用了这个核数，因为只是warning所以一直没注意到，还以为是模型或者别的问题。

evenn · 发表于 Post on 2024-6-14 09:02:18

喵星大佬发表于 2024-6-14 00:49
缓冲区设大，lmp的毛病，当原子在更新缓冲区的间隔之内直接穿出去了会丢原子
那个reaxff调优的帖子里有写

请问是改大 reax/c NULL safezone 2.0 mincap 100 的数值吗？

evenn · 发表于 Post on 2024-6-14 09:01:02

luowh35 发表于 2024-6-14 00:23
信息太少，不知道怎么给出建议，建议你把in文件给出来看看

相关文件已上传

evenn · 发表于 Post on 2024-6-14 08:58:33

黑色桃花发表于 2024-6-13 17:59
模型不合理，这是根本问题

同个模型之前都没有出现出现这个问题呀，而且昨天重新建模型之后跑依旧"lost atoms"，相关文件已上传，麻烦大佬给给建议

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-6-14 00:49:05

缓冲区设大，lmp的毛病，当原子在更新缓冲区的间隔之内直接穿出去了会丢原子
那个reaxff调优的帖子里有写

luowh35 · 发表于 Post on 2024-6-14 00:23:37

信息太少，不知道怎么给出建议，建议你把in文件给出来看看

黑色桃花 · 发表于 Post on 2024-6-13 17:59:44

模型不合理，这是根本问题

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