计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 627|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] cp2k使用杂化泛函计算较大二维体系能带时该如何控制内存使用量?

[复制链接 Copy URL]

2

帖子

0

威望

55

eV
积分
57

Level 2 能力者

各位老师好!本人是今年刚参加完第三届培训开始学习cp2k的小白。
目前在使用cp2k计算Ca原子内嵌金属富勒烯的二维聚合物(Ca@C60)的能带时总是遇到内存不足的问题,想知道如何才能控制内存使用量。
情况为每次计算均在SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION第一步处内存不足终止
计算使用的是学校的集群,单节点有64核,内存有512G,采用slurm调度系统和module,相关软件版本为:openmpi/4.1.5-gcc_13.1.0,singularity/3.11.1,intel-oneapi-mpi/2021.9.0,gcc/13.1.0。
输入文件见附件,由multiwfn( Version 3.8(dev), release date: 2024-Apr-17)生成。计算过程中内存使用的曲线,sbatch命令及晶胞结构如图。一个晶胞中包含两个Ca@C60,共计122个原子。
我首先使用PBE进行了计算,非常顺利。将生成的.kp文件作为初猜,再使用HSE06+ADMM+RI-HFX进行计算,开启了smearing,k点为1,2,1.
最初我使用的是官方docker镜像配合学校集群上的singularity进行的计算,在出现内存不足的情况下进行了如下尝试:
1.认为是内存溢出导致的,重新使用toolchain+openmpi的方式编译了cp2k,无效。
2.转为使用intelmpi编译,在集群上不能正常运行,遂放弃。
3.调整mpirun -np参数以及OMP_NUM_THREADS参数,分别尝试了只使用64核中的32核,20核甚至3核,即-np后设为相应数字,对内存占用毫无影响,依旧内存不足程序终止,只是计算速度会变慢。
4.修改输入文本,写入
&MEMORY
      MAX_MEMORY 3000
&END MEMORY
无论MAX_MEMORY后数值如何均无效。
5.尝试了PBE0,也会内存不足。
6.分别换用了popt,psmp和ssmp版,均无效。
7.使用培训提供的例子(hBN)进行计算,一切正常。

sbatch命令.png (100.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

sbatch命令.png

晶胞.png (75.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

晶胞.png

内存使用.png (27.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

内存使用.png

Cas2-HSE06n5.inp

11.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 6

2

帖子

0

威望

55

eV
积分
57

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 09:03:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-18 02:26
RI-HFX(具体来说是RI-HFXk)算这个绝对没戏。一般计算条件下只能算晶胞里有个位数原子的情况,否则又不算 ...

好的,谢谢sob老师!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112356

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-6-18 02:26:56 | 只看该作者 Only view this author
RI-HFX(具体来说是RI-HFXk)算这个绝对没戏。一般计算条件下只能算晶胞里有个位数原子的情况,否则又不算不动内存又肯定不够
RI-HFXk生来就是专用于算晶胞里原子很少结合很多k点的情况的。这一点我在北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里明确讲了:



这个体系目前CP2K只能推荐用HLE17纯泛函算能带。虽然扩胞后用gamma点做杂化泛函计算然后反折叠原理上可行,但目前没有结合CP2K做反折叠的程序。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 11:37 , Processed in 0.189920 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list