聚氨酯表面水分子径向分布函数rdf计算没有峰的问题

zyp1999

想请教大家，我想算简单地聚氨酯链（PU）加水的体系的水合效应，对建立的PU+水模型（图1）跑了20ns npt之后，查看最后10 ns水的径向分布函数，分析是否存在水合层，但是得到了如下图2的结果（gmx_mpi rdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 10000 -e 20000），看不出来水合层的峰；我试了-surf选项：gmx_mpirdf -f md.xtc -s md.tpr -o rdf-1.xvg -bin 0.01 -b 10000 -e 20000-ref MOL -sel water -surf mol，结果如图3，和文献（图4）的曲线也不相符，是哪里有问题呢？
  

sobereva

zyp1999 发表于 2024-6-18 20:25
非常感谢老师回复。
1）文献里说的是统计聚合物表面与水之间的rdf，是用-surf命令来实现？我看了手册对- ...

1 是用-surf
此时只考虑参考组里与水挨得最近的原子，即表层原子，而那些包埋在内部的参考组原子就不考虑了，差异显然非常明显

2 当前体系和文献里的体系本来就不一样，别强求能得到一样的图。而且-surf mol时rdf的定义和常规的rdf也不一样，你当前用-surf mol得到的图的特征是正常的。参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）的ppt：

zyp1999

sobereva 发表于 2024-6-18 12:59
体系特征就明显不一样，而且弄清楚文献里统计的是谁和谁的rdf
你如果对当前体系所有原子直接统计与水之间 ...

非常感谢老师回复。
1）文献里说的是统计聚合物表面与水之间的rdf，是用-surf命令来实现？我看了手册对-surf这个功能也不太理解，他说-surf这里r是取的两者最小距离，这样的话跟直接统计所有原子与水的rdf所取的壳层是什么区别？
2）如果我自行选取聚合物的上表面的一些特征原子组成一个组，用-surf -xy 这两个选项，在z方向上算这个组与水的rdf，有可能得到和文献类似的图吗？

sobereva

体系特征就明显不一样，而且弄清楚文献里统计的是谁和谁的rdf
你如果对当前体系所有原子直接统计与水之间的rdf，距离水从远到近所有情况都会出现，所有原子取平均后就是那样。要从rdf的计算原理上理解结果