ms dmol3优化求出的总能量包括什么能量

xiaoxiong123123

我想请问下ms dmol3优化求出的总能量Etotal包括什么能量，有什么公式吗

卡开发发

xiaoxiong123123 发表于 2024-7-8 21:33
哥，如果我用dft＋u计算的话就是用castep计算，他这个模块的话计算的能量是不是就不一样了，还需要在家上 ...

如果涉及到能量或者焓做差，那应该都要用一个程序。

xiaoxiong123123

卡开发发 发表于 2024-6-21 18:12
1、如果你研究的是高温，O2处于气态的（这也是我一开始所提醒的），在DMol3当中最简单的处理方法是直接画 ...

哥，如果我用dft＋u计算的话就是用castep计算，他这个模块的话计算的能量是不是就不一样了，还需要在家上▲H吗，是不是其他的物质也要用用这个模块计算了

xiaoxiong123123

卡开发发 发表于 2024-6-25 21:25
所以说之前一直在强调你的体系原子数目和化学反应式之间的计量关系。4个Ce8个O单位转换到mol，对应的是1m ...

好，谢谢

卡开发发

xiaoxiong123123 发表于 2024-6-25 18:34
那这个转换成每mol是什么意思，建立4个Ce，8个O,的意思是1molCe4O8吗，代表的就不是CeO2了吗

所以说之前一直在强调你的体系原子数目和化学反应式之间的计量关系。4个Ce8个O单位转换到mol，对应的是1mol Ce4O8或是说4mol CeO2，并不是1mol CeO2。额外需要说明的是之所以能这么算是因为这个晶体当中的Ce和Ce还有O和O是等价的。

xiaoxiong123123

卡开发发 发表于 2024-6-25 16:12
不是，晶胞翻一倍能量就翻一倍，你要折合需要自己去除以计量数，比如你的反应式当中写的是CeO2，那么计算 ...

那这个转换成每mol是什么意思，建立4个Ce，8个O,的意思是1molCe4O8吗，代表的就不是CeO2了吗

卡开发发

xiaoxiong123123 发表于 2024-6-25 15:22
老师，他这个单位我还是不太明白，因为我如果做CeO2,模型就比如是4个Ce，8个O，优化后的能量比如是400HA, ...

不是，晶胞翻一倍能量就翻一倍，你要折合需要自己去除以计量数，比如你的反应式当中写的是CeO2，那么计算Ce4O8的晶胞就得把晶胞能量除以4，而Ce8O16你就得除以8，要跟着你实际反应式去写。

xiaoxiong123123

卡开发发 发表于 2024-6-20 10:20
用eV或Hartree换算到kJ/mol或kcal/mol对应的是2mol的情况。

老师，他这个单位我还是不太明白，因为我如果做CeO2,模型就比如是4个Ce，8个O，优化后的能量比如是400HA,我扩胞一次变成8个Ce，16个O，优化后的能量成为800多HA，但是他转换单位之后不是成为每CeO2的mol了吗，这个单位转换没搞明白

xiaoxiong123123

卡开发发 发表于 2024-6-24 16:45
一样，只不过这里经典静电能指的是电子-电子平均排斥、核-电子吸引和核-核排斥，不同写法只是在能量分组 ...

好的，谢谢！

卡开发发

xiaoxiong123123 发表于 2024-6-24 14:20
老师，这个公式也是一样算的总能量吗，其他的公式有点看不懂。

一样，只不过这里经典静电能指的是电子-电子平均排斥、核-电子吸引和核-核排斥，不同写法只是在能量分组或是是否写成扣除重复计入这种差别，这里仍然只是自洽场中得到的能量。

xiaoxiong123123

卡开发发 发表于 2024-6-19 18:21
DMol3求解的是Kohn-Sham框架，自洽场得到的能量是电子能+核排斥，电子能的部分主要是轨道能总和+交换关联能 ...

老师，这个公式也是一样算的总能量吗，其他的公式有点看不懂。

xiaoxiong123123

卡开发发 发表于 2024-6-21 18:12
1、如果你研究的是高温，O2处于气态的（这也是我一开始所提醒的），在DMol3当中最简单的处理方法是直接画 ...

好的，谢谢

卡开发发

xiaoxiong123123 发表于 2024-6-21 16:42
氧气我换成了这样的，我分别通过dmol3结构优化算了他们三个的总能量，想要算他们在1000k下的吸热量，通 ...

1、如果你研究的是高温，O2处于气态的（这也是我一开始所提醒的），在DMol3当中最简单的处理方法是直接画个O2的分子不要加盒子去处理，并且使用对称性，此时程序能够正确识别其为气态分子并进行平动和转动贡献的相关热化学计算。也可以加一个足够大的盒子，但平动和转动需要手工进行计算。PS：小心O2基态为三重态。
2、综合来说你的体系不适合用DMol3来研究，理由如下：
（1）上面已经提示，DMol3处理晶体的声子频率的结果不一定是对的，虽然我有办法正确处理，但要么是计算量太大，要么需要适当写程序对新手不是非常友好。
（2）你的体系需要进行晶胞优化，DMol3那个stress的处理非常神秘，优化晶胞不太可靠。
（3）Ce这个体系大概率需要DFT+U或者杂化泛函才能算的比较好，DMol3也没办法支持。
综上，建议更换程序，如果有商业程序版权就用一些商业程序，没版权可以考虑Quantum Espresso。但不管更换哪个程序仍然需要注意O2的处理。

xiaoxiong123123

卡开发发 发表于 2024-6-21 12:49
1、算吸放热不需要做过渡态。恒温恒压情况下理想气体恒压热等于焓，理想晶体体胀不严重的话可以近似为热 ...

  氧气我换成了这样的， 我分别通过dmol3结构优化算了他们三个的总能量，想要算他们在1000k下的吸热量，通过勾选frequency，也分别有他们在各个温度下的焓值，通过▲H={（H（Ce2O3）＋H（O2）-H（CeO2））＋（E总（Ce2O3）＋E总（O2）-E总（CeO2））}   ，最后再去除以个他们的原子个数  ，通过频率计算的焓差很小，几乎为不到1kj/mol，主要就是通过总能量来有个差值，结构是从materials project导入的结构，这样做法有说服力吗，下面是我我二氧化铈的输出结果


New Cartesian Coordinates Obtained by Inverse Iteration
Norm of Displacement of Delocalized Coordinates:   0.000479
Norm of Displacement of Cartesian Coordinates:     0.000407

       Cycle    Total Energy      Energy change   Max Gradient   Max Displacement
opt==   14        -1744.3241788     -0.0000014        0.000006       0.000099


                      Step   14                                       <-- DELOC
                                                                      <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC
| Parameter |      value      |    tolerance    |    units   | OK? | <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC
|  delta E  |   -0.140414E-05 |    0.100000E-04 |      Ha    | Yes | <-- DELOC
|  |F|max   |    0.574849E-05 |    0.105835E-02 |      au    | Yes | <-- DELOC
|  |dR|max  |    0.991158E-04 |    0.944863E-02 |      au    | Yes | <-- DELOC
+-----------+-----------------+-----------------+------------+-----+ <-- DELOC

  Geometry optimization completed successfully in   14 steps.
STANDARD THERMODYNAMIC QUANTITIES
computed from     25.00 to   1000.00 in steps of   25.00



       T        Entropy   Heat_Capacity   Enthalpy   Free_Energy
      (K)          S  (cal/mol.K) Cv         H  (kcal/mol)  G

                                            (ZPVE is included)

________________________________________________________________

  1   25.00        4.764       11.288       23.568       23.449
  2   50.00       18.008       28.316       24.070       23.170
  3   75.00       32.368       43.437       24.969       22.541
  4  100.00       46.882       58.022       26.239       21.550
  5  125.00       61.278       71.174       27.858       20.198
  6  150.00       75.261       82.163       29.779       18.490
  7  175.00       88.614       90.970       31.947       16.440
  8  200.00      101.233       97.912       34.312       14.065
  9  225.00      113.093      103.373       36.831       11.385
10  250.00      124.217      107.691       39.471        8.417
11  275.00      134.648      111.135       42.208        5.180
12  298.15      143.738      113.724       44.812        1.956
13  300.00      144.442      113.910       45.022        1.690
14  325.00      153.652      116.170       47.899       -2.038
15  350.00      162.331      118.028       50.827       -5.988
16  375.00      170.528      119.571       53.798      -10.150
17  400.00      178.288      120.865       56.804      -14.511
18  425.00      185.649      121.958       59.840      -19.061
19  450.00      192.647      122.890       62.900      -23.791
20  475.00      199.313      123.689       65.983      -28.691
21  500.00      205.675      124.380       69.084      -33.754
22  525.00      211.759      124.981       72.201      -38.972
23  550.00      217.585      125.506       75.332      -44.340
24  575.00      223.175      125.968       78.476      -49.850
25  600.00      228.545      126.376       81.630      -55.496
26  625.00      233.711      126.738       84.794      -61.275
27  650.00      238.688      127.061       87.967      -67.180
28  675.00      243.489      127.350       91.147      -73.208
29  700.00      248.125      127.610       94.334      -79.354
30  725.00      252.607      127.844       97.527      -85.613
31  750.00      256.945      128.056      100.726      -91.983
32  775.00      261.147      128.249      103.930      -98.459
33  800.00      265.222      128.424      107.138     -105.039
34  825.00      269.176      128.584      110.351     -111.719
35  850.00      273.017      128.730      113.568     -118.497
36  875.00      276.750      128.864      116.788     -125.369
37  900.00      280.382      128.988      120.011     -132.334
38  925.00      283.918      129.102      123.237     -139.387
39  950.00      287.362      129.207      126.466     -146.529
40  975.00      290.720      129.304      129.697     -153.755
41 1000.00      293.995      129.394      132.931     -161.064

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卡开发发

xiaoxiong123123 发表于 2024-6-21 11:31
大佬我想问下，我算一个无机的化学反应吸热量CeO2=Ce2O3+O2，反应物生成物都是数据库导入的晶胞，然后原 ...

1、算吸放热不需要做过渡态。恒温恒压情况下理想气体恒压热等于焓，理想晶体体胀不严重的话可以近似为热力学能，这些都是状态量。要在理想体系下通过谐振近似处理，需要做声子频率计算，但DMol3的声子频率只能做Gamma点的，需要特定处理，但DMol3自身不支持。
2、O2常温下是气相的，你可能需要注意你的研究条件，我不能确定你用晶体O2进行研究的原因。