分子动力学模拟的时间是否有一定的限制

1154975925 · 发表于 Post on 2024-6-20 21:05:03

本帖最后由 1154975925 于 2024-6-21 10:12 编辑

对蛋白质施加2V/cm，频率为300kHz的电场，该蛋白质由737个氨基酸残基和8668个原子组成，采用GROMOS96 43a1力场，范德华力和静电相互作用的截断半径分别是1nm和1.2nm，该蛋白质放在10*10*10nm3的盒子中，水模型采用spc模型，水分子有23232个，另外加入40个Na+离子中和体系，温度设置为300K，压力为1bar进行平衡，需要进行的模拟时间至少一个周期，也就是3333ns，请问用gromacs进行模拟是否可行，如果可行，这个模拟的时间大约需要多久

1154975925 · 发表于 Post on 2024-6-22 10:47:53

sobereva 发表于 2024-6-22 02:22
43a1力场描述蛋白质太过时了，肯定会被审稿人comment。用诸如AMBER14SB等主流、好得多的蛋白质力场

我不 ...

好的非常感谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-22 02:22:54

43a1力场描述蛋白质太过时了，肯定会被审稿人comment。用诸如AMBER14SB等主流、好得多的蛋白质力场

我不知道你的研究目的是什么，做这个模拟想得到什么结果、是否要和实验对比，没法判断这么模拟是否能有实际意义。

不说计算资源，问耗时毫无意义。只能说，如果用诸如RTX4090等高端GPU加速来跑，这个时间尺度在一般可接受的时间范围内可以跑下来。

1154975925 · 发表于 Post on 2024-6-21 10:12:55

sobereva 发表于 2024-6-21 06:24
那叫模拟，不叫仿真，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.kein ...

好的，已经修改好了

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-21 06:24:08

那叫模拟，不叫仿真，看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

看具体研究什么问题，很可能当前问题根本不应该从原子级别的微观尺度模拟角度来讨论

所有数据写清楚单位，说清楚原子数、计算条件等，认真看下文，否则没人能告诉你通常能跑多长、是否跑得动一类的问题
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

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[GROMACS] 分子动力学模拟的时间是否有一定的限制