求助：关于如何入门All-QM计算的疑惑

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2024-6-21 17:00:25

各位老师好，我想用All-QM方法计算我的酶的反应路径，但是没有化学的基础，因此想请教两个问题：
1.ALlQM计算的目的是为了从能量的角度验证自己构建的反应路径是否合理吗（我在计算前已经知道过渡态的样子和参与反应的残基，只是不知道能量是否合理），还是为了在自己不知道反应路径的情况下通过计算的手段辅助生成不同的反应路径呢？（我在计算前并不知道过渡态的样子和参与反应的残基，希望通过计算知道。类似MD是可以在人不知道的情况下计算出蛋白的RMSF值等属性）
2.有没有什么对操作方法的描述比较详细的论文可以让我成功复现一次反应路径的计算呢？我看了Himo教授和盛翔老师的综述，对操作过程中的重点和难点都有大致的了解，自己也有一些操作基础，但是没有成功实现过任何一种酶反应路径的计算

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2024-6-23 17:04:47

sobereva 发表于 2024-6-22 23:37
Himo等人有不少簇模型算这些体系的文章，里面都有具体模型、计算细节以及相关讨论，先去复现他们的计算

明白了，谢谢老师的指导

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-22 23:37:21

溪临昭煌发表于 2024-6-22 15:15
谢谢老师，我想表达的确实是簇模型解决问题。这篇文章我之前拜读过，也基于此学习了一些操作，但是还是没 ...

Himo等人有不少簇模型算这些体系的文章，里面都有具体模型、计算细节以及相关讨论，先去复现他们的计算

溪临昭煌 · 发表于 Post on 2024-6-22 15:15:26

sobereva 发表于 2024-6-22 02:37
没听说过All-QM、ALlQM。如果是基于簇模型完全用量子化学计算，看下文。这种问题用簇模型计算足矣
要善用 ...

谢谢老师，我想表达的确实是簇模型解决问题。这篇文章我之前拜读过，也基于此学习了一些操作，但是还是没有成功的体验，所以想找找类似新手教程的东西

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-22 02:37:23

没听说过All-QM、ALlQM。如果是基于簇模型完全用量子化学计算，看下文。这种问题用簇模型计算足矣
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

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