使用USPEX预测大体系出现heredity报错

docshen777

我想使用USPEX10.5预测Ca-Si-H2O团簇的最优构象，但是遗传算法中产生子代的算法似乎有问题。具体如下。


当使用很小的团簇（000）时，比如8个硅原子，USPEX 正常工作
但是当我把体系扩大到2个硅原子，24个氧，40个氢的时候，第一代随机产生正常，第二代的heredity就出问题，报错如下，
Mutation : Failed to do Mutation in 50 attempts, switch to Random!




似乎是体系太大导致产生子代困难，但是已有文章处理了相同的体系并且算了比我更大的体系。https://doi.org/10.1038/s41467-023-43500-y


希望得到解答，感激不尽！


以下是我的输入文件


PARAMETERS EVOLUTIONARY ALGORITHM
******************************************
*      TYPE OF RUN AND SYSTEM            *
******************************************
USPEX : calculationMethod (USPEX, VCNEB, META)
000   : calculationType (dimension: 0-3; molecule: 0/1; varcomp: 0/1)


% optType
1
% EndOptType


% atomType
Si O H
% EndAtomType


% numSpecies
2 24 40
% EndNumSpecies


0: ExternalPressure




******************************************
*               POPULATION               *
******************************************
10    : populationSize (how many individuals per generation)
10 : initialPopSize
107    : numGenerations (how many generations shall be calculated)
10     : stopCrit


******************************************
* SURVIVAL OF THE FITTEST AND SELECTION  *
******************************************
0.6 : bestFrac
5 : keepBestHM
0 : reoptOld








% vacuumSize
20
% EndVacuumSize


******************************************
*          VARIATION OPERATORS           *
******************************************
0.6  : fracGene (fraction of generation produced by heredity)
0.2  : fracRand (fraction of generation produced by symmetric random)
0.00  : fracTopRand (Percentage of structures obtained by topological random generator)


0.1  : fracPerm (Percentage of structures obtained by permutation)


0.10  : fracAtomsMut (fraction of the generation produced by softmutation)
0.00  : fracRotMut (Percentage of structures obtained by mutating orientations of randomly selected molecules,Use it only for molecular crystal structure prediction 310 311)
0.00  : fracLatMut (fraction of the generation produced by latmutation)
0.00  : fracSpin (Percentage of structures obtained by spin mutation)


1     : AutoFrac (Enables automatic evolution of percentages of variation operators, which speeds up the calculation by up to ∼2 times.)


*****************************************
*   DETAILS OF AB INITIO CALCULATIONS   *
*****************************************
% abinitioCode
3
% ENDabinit




% commandExecutable
/home/xy/bags/gulp-6.0/Src/gulp < input > output
% EndExecutable


1    : whichCluster (0: no-job-script, 1: local submission, 2: remote submission)
10    : numParallelCalcs