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[GROMACS] 请问进行表面活性剂的分子动力学模拟时,更适合用什么水模型?

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楼主
请问进行通过GROMACS进行表面活性剂在油水界面上的的分子动力学模拟时,更适合用什么水模型?有必要用OPC 吗?我看相关文献大多数都是用的SPC/E,但是我看完“一篇迄今几乎所有水模型精度的横测文章(JCIM,2021)”这篇文章发现SPC/E与实验表面张力表现出较差的一致性,综合最好的是OPC,包括科音培训班也说目前最好的是OPC模型。我就想问研究者到底应该怎样在精度要求和计算成本之间做出权衡,做出的选择又对研究结果可能会产生什么影响呢?不同水模型所需计算资源,包括内存需求、计算时间和可能的硬件要求有很必要很清晰的区分吗?我还看到过有人说TIP4P和SPC/E水模型可能更适合模拟水-油界面,这是为什么呢?明明这两种水模型和实验表面张力都表现出较差的一致性。

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发表于 Post on 2024-6-25 02:02:29 | 只看该作者 Only view this author
呀芽芽 发表于 2024-6-24 09:35
谢谢老师,我打算用OPC3模拟。但我想问一下您说的OPC贵指的是哪些方面啊?

四点水模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-24 09:35:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-24 01:14
嫌四点水模型OPC贵就用最好的三点水模型OPC3
“TIP4P和SPC/E水模型可能更适合模拟水-油界面”在我来看只是 ...

谢谢老师,我打算用OPC3模拟。但我想问一下您说的OPC贵指的是哪些方面啊?

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发表于 Post on 2024-6-24 01:14:36 | 只看该作者 Only view this author
嫌四点水模型OPC贵就用最好的三点水模型OPC3
“TIP4P和SPC/E水模型可能更适合模拟水-油界面”在我来看只是一家之言,除非做过全面的测试,否则没法在没有前提的情况下说“更”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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