在模拟中添加钙离子之后进行电荷平衡，会把钙离子替换掉，这应该如何解决？

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-23 20:51:31

我需要在模拟中添加一定数量（比如6个）的钙离子，但是当进行电荷平衡后，会将一部分钙离子替换成钠离子或者是直接减少钙离子的数量（使钙离子数量少于6）。我应该怎样解决这个问题呢？
是需要改变添加离子的顺序吗？（整体体系中离子的添加顺序：用insert-molecules插入磷酸根-加水—钙离子-钠离子进行平衡）
还是改变添加钙离子的命令？

还有就是我计算的添加离子数量和实际添加的不一样，比如3个磷酸根带了9个负电荷，5个钙离子带10个正电荷，电荷平衡只需要加一个钠离子就够了，但是gromacs中添加的数量并不是这样。这是为什么呢？

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-24 08:51:12

老师，您的意思是说用insert-molecules插入钙离子吗？因为我除了磷酸根，其他都是用genion插入的。

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-24 02:11:48

gmx insert-molecules时会让你选择哪个组被替换，选择溶剂对应的组，就不可能把已有的钙离子也替换

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[GROMACS] 在模拟中添加钙离子之后进行电荷平衡，会把钙离子替换掉，这应该如何解决？