Clayff力场参数中bond项不描述Me-O成键该如何画图

晓声寒月

请教各位老师，学生在使用Gromacs基于Clayff力场跑pyrophyllite的分子动力学时，发现其中的bond参数缺失（附ffbonded和ffnonbonded.itp文件）；
（力场参数文件从https://github.com/thomasunderwood/ClayFF获取，与JPCC, Cygan et al., 2021综述中一致）
我在实际跑完能量最小化得到tpr文件导入vmd也发现，Si-O四面体和Al-O八面体没有键连（附topol.tpr）；

我查阅了相关的clayff力场综述文章（JPCC, Cygan et al., 2021），在SI中看到这么一句话：“These M-O-H parameters can also be implemented as angle terms without associated bond terms, thereby bypassing the standard 1-3 or 1-4 bond exclusion rules.”，意思是不是说Clayff力场中没有定义bond项，而是用了angle项替代描述M-O的键连关系？

假如没有bond项，我想应该不会影响动力学运行过程，但应该如何合理的可视化呈现我构建的结构呢？是不是需要修改vmd的成键关系判定？

ZMHZMH

您好，我是第一次接触这个力场，这个力场具体是怎么生成的呢？或者可以推荐我先学些什么呢？感谢！

晓声寒月

ys_song 发表于 2024-6-26 13:51
see here: http://sobereva.com/534

收到，感谢~

ys_song

晓声寒月 发表于 2024-6-26 13:08
是的，我看到了。但主要是对这种方式（只描述羟基部分的成键而不描述M-O的成键）有点不太理解，另外我关 ...

see here: http://sobereva.com/534

晓声寒月

tjuptz 发表于 2024-6-26 11:59
文章正文里都说了，只有羟基部分涉及成键作用，看看原文

是的，我看到了。但主要是对这种方式（只描述羟基部分的成键而不描述M-O的成键）有点不太理解，另外我关注的重点在于，如果这样是ok的话，我该如何把跑出来的结构可视化，因为Si-O和Al-O没有成键关系所以导入vmd的效果如图pyrophyllite.jpg。
抱歉可能我的标题有点误导性，我关注的重点不是参数的缺失，而是后续的画图\抱拳

tjuptz

文章正文里都说了，只有羟基部分涉及成键作用，看看原文