GROMACS里AMBER力场为什么要缩放？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-6-27 11:24:21

如题。
大佬们好！想请教下：

感觉AMBER力场里描述多肽间β-sheet的氢键作用太弱了，是不是因为这里静电相互作用缩放的原因？
可否将这个缩放值修改一下啊？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-28 05:17:18

搞力场的人有专门的考虑，自己轻易修改绝对会遭审稿人质疑。这属于牵一发动全身的参数
嫌当前力场表现不好就考虑别的力场
AMBER力场有20种以上版本，别光就说成AMBER力场，这毫无意义

zdworld · 发表于 Post on 2024-6-27 23:42:10

社会主义小战士发表于 2024-6-27 16:37
为啥？

这只是产生1-4作用的缩放因子，与二面角项是配套的，不要乱改，除非你知道自己在干啥。

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2024-6-27 16:37:40

喵星大佬发表于 2024-6-27 15:46
不是，
不可以

为啥？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-6-27 15:46:18

不是，
不可以

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[GROMACS] GROMACS里AMBER力场为什么要缩放？