使用Multiwfn生成复合物结合部位的电荷信息该怎么选择关键词？

YuniJ · 发表于 Post on 2024-7-1 15:47:19

本帖最后由 YuniJ 于 2024-7-1 15:49 编辑

目的：将聚合物共价修饰到蛋白质上
操作：将聚合物反应端和蛋白质N端的连接区域单独抠出来（附件1：peg_asp.mol2）,通过vmd进行了加氢操作，并且观测结构无重叠部分，搜索相关化学知识初步判断结构应该没有问题
问题：使用Multiwfn默认关键词计算RESP原子电荷，报错

Optimization stopped.
-- Number of steps exceeded, NStep= 138
-- Flag reset to prevent archiving.

使用关键词：# B3LYP/def2SVP opt=loose scrf(solvent=water)

想请教一下各位老师，是否是因为关键字的原因？如果是的话我应该考虑哪些方面呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-3 20:13:00

YuniJ 发表于 2024-7-3 19:30
请问老师我按照3.4形成PEG反应端-ASP-NME模型体系，拟合了peg和蛋白连接区域的静电，下一步我可以直接删 ...

可以

YuniJ · 发表于 Post on 2024-7-3 19:30:31

sobereva 发表于 2024-7-1 17:41
当前结构什么都不是，优化哪怕收敛了也毫无意义
怎么算单个残基的RESP电荷，在下文3.4节给了明确的例子
R ...

请问老师我按照3.4形成PEG反应端-ASP-NME模型体系，拟合了peg和蛋白连接区域的静电，下一步我可以直接删除NME，然后怼回原来的蛋白质结构中吗？

YuniJ · 发表于 Post on 2024-7-2 08:27:13

student0618 发表于 2024-7-1 21:17
sob老師給的帖文有使用sobtop更詳盡的例子 faq5 只是大概的做法

The structure of modified residue, ...

谢谢您！

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-1 21:17:54

本帖最后由 student0618 于 2024-7-1 21:58 编辑

YuniJ 发表于 2024-7-1 20:16
Thank you for your answer. The non-standard residue is polyethylene glycol (PEGylation). Are you s ...

sob老師給的帖文有使用sobtop更詳盡的例子 faq5 只是大概的做法

The structure of modified residue, how PEG covalently modified the protein N-terminal, its protonation etc 這些不確定就查一查自己要做simulation的東西長什麼要清楚哦

PEG 的話也要check要用多少repeating units，現在是否真的足夠？如果有多個repeating unit的話這可能要另外處理哦

YuniJ · 发表于 Post on 2024-7-1 20:20:39

sobereva 发表于 2024-7-1 17:41
当前结构什么都不是，优化哪怕收敛了也毫无意义
怎么算单个残基的RESP电荷，在下文3.4节给了明确的例子
R ...

谢谢老师的回答，我想请教一下老师那我应该怎么构建这个结构呢？聚乙二醇的反应端是CH3O，蛋白质N端是ASP，因为不是化学背景所以可能在结构上有些搞不清楚，不好意思老师

YuniJ · 发表于 Post on 2024-7-1 20:16:39

student0618 发表于 2024-7-1 16:37
Your structure has many problems.

Thank you for your answer. The non-standard residue is polyethylene glycol (PEGylation). Are you saying that I need to look up the protonation state of PEGylation and then proceed according to FAQ 5 in sobtop?

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-1 17:41:12

当前结构什么都不是，优化哪怕收敛了也毫无意义
怎么算单个残基的RESP电荷，在下文3.4节给了明确的例子
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-1 16:37:50

本帖最后由 student0618 于 2024-7-1 16:58 编辑

Your structure has many problems.

If you know the name of this modified residue but you don't know what the problem is, try to google and check its structure and protonation.

If it is a modified residue within a protein, you also need to cap the two sides. Or if its modified terminal, you may still need to cap one end. Search for "非标准残基" in http://sobereva.com/soft/Sobtop/

(edited post to fix problems in figures)

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[Gaussian/gview] 使用Multiwfn生成复合物结合部位的电荷信息该怎么选择关键词？

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