求助，如何使用sobtop把MS构建的Fe203纳米颗粒球的pdb文件得到gmx的itp和gro文件

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-5 20:16:14

请教一下各位老师和前辈们，我用MS构建了不同粒径的Fe2O3纳米小球，然后根据sob老师的建议打算使用sobtop来生成，根据教程的过渡金属二茂铁那个来进行转化，但是我的纳米颗粒放进高斯无法进行优化计算，1nm的颗粒总共56个原子，无法进一步下去。所以sobtop对于含过渡金属铁的纳米颗粒应该参考哪个教程呀，能够直接用mol2按普通的步骤操作吗。望各位老师指点。

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-11 16:29:22

古月赐何夜发表于 2024-7-10 16:18
你好，我想请教你一个问题，我用sobtop生成了三个文件，分别是itp，gro和top，后续用于模拟是用哪一个文件 ...

一般是用gro、itp文件，且itp文件的参数看你使用的分子有没有参考文件提到你用的力场的非键参数和电荷等需要修改的，然后将itp文件修改正确，top是需要做你模拟体系的所有分子要自己写

古月赐何夜 · 发表于 Post on 2024-7-10 16:18:54

你好，我想请教你一个问题，我用sobtop生成了三个文件，分别是itp，gro和top，后续用于模拟是用哪一个文件，需要将top和itp结合起来吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-8 22:55:06

chuxuedexiaobai 发表于 2024-7-8 18:22
老师，我用sobtop生成了fe2o3的纳米颗粒，然后修改了电荷改成BK的电荷，删除了二面角，其他的键参数就是 ...

是
sobtop网站里目前没有论文。只是说了怎么正确引用

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-8 18:22:32

sobereva 发表于 2024-7-5 21:49
用不着优化。确保gview里看到的原子连接关系正确，保存成mol2，然后直接让sobtop猜bonded参数的方式产生拓 ...

老师，我用sobtop生成了fe2o3的纳米颗粒，然后修改了电荷改成BK的电荷，删除了二面角，其他的键参数就是用的sobtop生成的然后跑了nvt,npt各0.5ns试了一下可以跑，这是不是代表着这个文件就修改好了可以正常进行模拟了，然后如果以后发论文就是直接引用sobtop网站里面的那篇论文嘛

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-7-6 09:45:58

sobereva 发表于 2024-7-5 21:49
用不着优化。确保gview里看到的原子连接关系正确，保存成mol2，然后直接让sobtop猜bonded参数的方式产生拓 ...

好的，谢谢老师，我再重新试试

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-5 21:49:56

用不着优化。确保gview里看到的原子连接关系正确，保存成mol2，然后直接让sobtop猜bonded参数的方式产生拓扑文件就完了，就足矣维持刚性

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