使用gmx sham获得gibbs.xpm文件后，使用xpm2all.bsh将gibbs.xpm进行转化的问题

12313 · 发表于 Post on 2024-7-6 18:35:14

各位老师好，我通过gmx sham命令，gmx sham -f Rmsd-Rg.xvg -ls gibbs.xpm -nlevels 100 后获得gibbs.xpm,再使用xpm2all.bsh脚本进行操作bash xpm2all.bsh gibbs.xpm -xyz，将gibbs.xpm 转化为3列数据的文本文件，但是该文件中出现大量的重复，请问这是正常的吗？
这是我转化后的文本文件

gibbs~.xyz (39.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 32)

17865828146 · 发表于 Post on 2024-7-22 00:25:33

您好，可以分享一下 xpm2all.bsh脚本吗，我在官网下载的运行报错

student0618 · 发表于 Post on 2024-7-7 00:39:41

本帖最后由 student0618 于 2024-7-7 00:58 编辑

its normal if you get a flat surface with the same value. see my reply to your another post for what I plotted from your data.

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[GROMACS] 使用gmx sham获得gibbs.xpm文件后，使用xpm2all.bsh将gibbs.xpm进行转化的问题

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