使用Gaussian16和sobEDA计算蛋白配体复合物中配体与特定氨基酸的相互作用能及能量分解

葱葱cong

各位老师好，最近在学习使用sobEDA和sobEDAw对相互作用进行能量分解，有几处疑问想请教一下，我在对配体小分子与蛋白进行对接形成蛋白配体复合物后，想单独计算配体分子某个位置的N-H与GLY1683氨基酸残基的氢键强弱（见图1），为了节省计算资源我可以从复合物中将小分子配体的母核（手动删除其他支链）与该氨基酸残基GLY1683单独扣出（类似于分子团簇？）（见图2）， 使用Gaussian 16 计算级别为b3lyp-D3(BJ)/6-311+G(2d,p)进行几何优化并通过sobEDA和sobEDAw计算相互作用能并进行能量分解吗？（结果见图3）. 这样计算氢键相互作用的方法是否可行？不考虑支链是否会对几何优化过程产生影响？如不能删除支链及其他关键氨基酸，是否需要对其他氨基酸进行冻结进行限制性优化？计算使用的fragment.txt template.gjf system.xyz sobEDA.sh 文件如下[url=]fragment.txt[/url][url=]template.gjf[/url][url=]system.xyz[/url][url=]sobEDA.sh[/url]

sobereva

就抠出蛋白质那么点区域稍微有点小，如果旁边还有其它残基与配体的作用不可忽视，最好再多保留一些。不用太吝啬原子，一般的双路服务器用sobEDAw对200以上原子做能量分解都没问题。