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[波函数分析求助] QTAIM分析非共价相互作用应该采用BCP的哪个计算结果来说明能量的强度?

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截图是QTAIM的(3,-1)的BCP的计算结果,里面涉及不同的能量,手册里虽然有说定义,但是到分析非共价相互作用的时候不确定到底要用哪个能量形式?还是某几个量的比率?

文献(Isr. J. Chem. 2020, 60, 475 – 484)给出了H键和其他作用的能量大小。其中提到:Bond critical points, BCP (3, -1), on the interaction pathways between CB[7] and the guest show topological features, like the Laplacian of the electron density, r2ρ, and the eta index, η, consistent with the presence of “closed-shell” interactions, like van der Waals interactions or hydrogen bonds (i. e. absence of covalency).然后说,The strongest interaction, ~ 16 kcal · mol-1, ubiquitous in the CB[7] · Catalyst and in the [CB[7] · ImprovedCatalyst]+ complexes is the intramolecular hydrogen bond H-N***HOC(O) within the proline residue。接着也讨论好几个作用的能量。

不确定是不是文章的意思哪个能量?里面也没说这个局部相互作用的能量的计算方法?是大家都默认一个种类能量吗?

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发表于 Post on 2024-8-9 03:12:54 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2024-8-8 20:11
准备对IGMH积分,设置了91,而且follow了手册关于91的设置,接下来按4.200.14.1做,调整了real space fun ...

RDG的函数分布特征和delta_g_inter截然不同,所以对IGMH等值面用Multiwfn的域分析功能进行积分,必须相应地修改域的定义。要设成大于特定阈值(对应作IGMH图用的等值面数值)而不是像RDG那样小于特定阈值
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-8 20:11:12 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-8-8 20:44 编辑
sobereva 发表于 2024-8-4 07:32
恰当设置盒子范围,使得格点只分布在感兴趣的区域,免得浪费计算耗时且产生不需要的domain
对IGMH,Mult ...

准备对IGMH积分,设置了91,而且follow了手册关于91的设置,接下来按4.200.14.1做,调整了real space function 为user defined。然后设置extension distance为0,仍然跑不动。
请问设置合适的盒子是说adjust extension distance吗?RDG domain <0.5是不是也要调大呢?

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发表于 Post on 2024-8-4 07:32:27 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2024-8-2 22:19
我试了RDG等值面积分,得到的每个domain很小,而且分散,看不出是大面积的pi相互作用。我用的medium grid ...

恰当设置盒子范围,使得格点只分布在感兴趣的区域,免得浪费计算耗时且产生不需要的domain
对IGMH,Multiwfn照样可以做其等值面内的积分。delta_g-inter对应用户自定义函数函数91号,看Multiwfn手册2.7节的相应部分
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-2 22:22:49 | 只看该作者 Only view this author
beefly 发表于 2024-8-1 18:12
|V(BCP)|/G(BCP)是一些不懂装懂的人瞎搞出来的指标,实际上就是能量密度指标换个形式而已。

早在1984 ...

我还以为是多么高深的指标呢,这推了跟没推一样。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-2 22:19:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-8-1 01:28
IBSI意义不大,物理意义不清楚,经验性太强,我不爱谈论那个
没有一刀切的范围
Multiwfn可以对RDG等值 ...

我试了RDG等值面积分,得到的每个domain很小,而且分散,看不出是大面积的pi相互作用。我用的medium grid跑了一天,因为看high grid跑不动。速度上不知道是不是因为RDG没有分片段的原因,而且是基于波函数文件的计算才会这样?我跑IGMH和IGM对比起来一下子跑完了。但是IGMH和IGM没法做等值面积分,真可惜。

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发表于 Post on 2024-8-1 18:12:30 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2024-7-25 17:50
贴子对▽2ρ(BCP),H(BCP),eta指数提出了反例说明如果这几个参数是有可能得到不准确的结论的。但是 |V(B ...

|V(BCP)|/G(BCP)是一些不懂装懂的人瞎搞出来的指标,实际上就是能量密度指标换个形式而已。

早在1984年,Cremer、Kraka就建议用临界点的能量密度H(BCP) = G(BCP) + V(BCP) < 0做为共价作用的判据(https://s3.smu.edu/dedman/catco/ ... er55Croatia1984.pdf)。由于G(BCP) > 0 且 V(BCP) < 0,于是从 H(BCP) < 0 就可以得到 |V(BCP)|/G(BCP) > 1。

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发表于 Post on 2024-8-1 01:28:36 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2024-7-31 17:44
用IGMH算得host与guest 之间的IBSI在0.15-0.6范围,这个合理吗?我也试了IGMpro,得到的IBSIW更大, ...

IBSI意义不大,物理意义不清楚,经验性太强,我不爱谈论那个
没有一刀切的范围
Multiwfn可以对RDG等值面内区域积分特定函数,Multiwfn手册4.200.14.1节有例子,并且参看http://sobereva.com/714综述里的定量分析的部分的讨论。对于delta_g_inter等值面内也可以类似地积分
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-31 17:44:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-8-1 00:11 编辑
sobereva 发表于 2024-7-30 22:02
有相关性,但也不适合明显不同类型的弱相互作用横向对比



用IGMH算得host与guest 之间的IBSI在0.15-0.6范围,这个合理吗?我也试了IGMpro,得到的IBSIW更大,一部分直接超过1。IBSI_IGMpro也很大,部分超过1。但是很多文献说弱相互作用的IBSI是低于0.15呀。但是我这host与guest之间没有成键就存在0.15-0.6,难道这个范围也算弱相互作用?
用IGMH host与guest之间的delta g也有一部分在0.01-0.05的范围,这合理吗?文献说IGM算的时候,弱相互作用的delta g < 0.01,请问IGMH算的弱相互作用的delta g应该在哪个范围呢?

请问multiwfn能算atom pairs 的delta g对interaction surface体积的积分吗?还是说将所有atom pairs 的delta g加起来可以说明相互作用的总效果?

请问所有atom pairs的IBSI的和是否可以用来说明相互作用的总效果?



截图是您关于IGMH的文章的节选,这部分您当时没有继续讨论 delta G inter,请问您现在对delta G inter有讨论的文章或者贴子吗?现在Multiwfn是不是可以算delta G inter了呢?

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发表于 Post on 2024-7-30 22:02:05 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2024-7-30 15:35
请问IBSI可以作为分析片段间的pi相关的相互作用的指标吗?而且IBSI是可以限定片段的,IBSI靠谱吗?

In ...

有相关性,但也不适合明显不同类型的弱相互作用横向对比
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-30 15:35:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-7-30 20:18 编辑
sobereva 发表于 2024-7-29 02:44
相互作用能不考虑片段的变形能,结合能考虑
能用BCP讨论的问题是有限的,诸如IRI原文Chemistry—Methods ...

请问IBSI可以作为分析片段间的pi相关的相互作用的指标吗?而且IBSI是可以限定片段的,IBSI靠谱吗?

Integrated Δg Values有些文章用这个说明相互作用的大小,您推荐吗?

这两个数据我都有,但是不确定给出来是不是会被质疑。



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发表于 Post on 2024-7-29 02:44:19 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2024-7-27 10:35
相互作用能是结合能吗?还是说EDA,还是说Multiwfn某个功能可以给出来呢?因为主要是想得到指定区域的相 ...

相互作用能不考虑片段的变形能,结合能考虑
能用BCP讨论的问题是有限的,诸如IRI原文Chemistry—Methods 2021, 1, 231–239里我就给出了没法靠BCP考察的氢键的例子。对于pi-pi堆积等大面积作用更是严重不适合光用BCP来讨论
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-27 10:35:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Oliviaw 于 2024-7-27 11:33 编辑
sobereva 发表于 2024-7-26 23:39
点-面、面-面区域的相互作用,没有什么方法(除了相互作用能)能令这两类情况之间直接相互对比强度

相互作用能是结合能吗?还是说EDA,还是说Multiwfn某个功能可以给出来呢?因为主要是想得到指定区域的相互作用能或者强度,而不是总的相互作用,是不是仍然推荐BCP。如果就用pi-pi相互作用的bcp的位置上的数据,选哪个指标好呢?

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发表于 Post on 2024-7-26 23:39:57 | 只看该作者 Only view this author
Oliviaw 发表于 2024-7-26 10:56
讨论pi相关的相互作用(点-面,面-面区域的相互作用),用哪个指标定量的准确性最好?

点-面、面-面区域的相互作用,没有什么方法(除了相互作用能)能令这两类情况之间直接相互对比强度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-26 10:56:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-26 03:57
“特殊考虑”指代不明

讨论pi相关的相互作用(点-面,面-面区域的相互作用),用哪个指标定量的准确性最好?

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