计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 747|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[NAMD] 求助:添加周期性边界条件计算,在盒子边界处水分子分布出现异常

[复制链接 Copy URL]

36

帖子

0

威望

624

eV
积分
660

Level 4 (黑子)

请教各位老师,我在使用NAMD添加周期性边界条件研究计算带电表面附近水分子的分布情况。但统计水分子的轴向浓度分布发现,在盒子边界处水分子浓度分布出现异常,出现一种较为缓慢下降。按照周期性边界条件的物理意义,水分子分布应该在体系中是均匀的才对,请问各位老师知道产生这个现象的原因嘛。
分别在VMD中取了两个区域的水分子数进行对比,出现了明显的区别。但这种现象在离子分布中并未出现。



手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 07:25 , Processed in 0.167837 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list